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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 帮忙看看审稿意见（有关氢键键能）
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tuwenwuguan

新虫 (正式写手)

[求助] 帮忙看看审稿意见（有关氢键键能）

文章已经是大修后让再次修改， 编辑说一句“请珍惜最后的修改机会”，吓得我不轻，还等着毕业。555，请高人不吝赐教！

the authors claim that energy for interaction energy between tyrosine and dG (nucleotide) increased from 6.2 kcal/mol to 12.5 kcal/mol after equilibrium and dynamic simulation. This corresponds to a deltadelta G of are greater than 6 kcal/mol, a value that is far too high for simple H-bonds or even a single electrostatic interaction. I do not believe this number has any real meaning. The authors must explain this in better detail. How is this caused by "enhanced electrostatic energy"?

这段话的意思是我计算得出的氢键能量审稿人觉得太高了吗？
6kcal/mol，相当于24kj/mol，我查了百度，在氢键键能的范围啊 (12-25 kj/mol）。难道氢键键能范围不是这个吗？又如何解释这个问题呢？谢谢。
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1楼2012-03-30 12:50:54
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liu_gang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-30 13:20:03
有别人算过吗？找来比较一下为什么高，估计得有过硬的解释
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考拉
2楼2012-03-30 13:14:43
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itsok

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-01 17:18:06
一般氢键键能范围：O—H … :N （29 kJ/mol 或 6.9 kcal/mol）O—H … :O （21 kJ/mol 或 5.0 kcal/mol）N—H … :N （13 kJ/mol 或 3.1 kcal/mol）N—H … :O （8 kJ/mol 或 1.9 kcal/mol）；如果是氨基酸，应该是很高了，似乎文章中还提到了'静电作用的增强"，如果可以解释氢键对静电作用的影响或许可以。希望对你有帮助。
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做一个正直善良可爱的人
3楼2012-03-30 18:21:36
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tuwenwuguan

新虫 (正式写手)
感谢楼上两位的回复。我试着这样回复如下：
The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation, the interaction energy fluctuated from 6 kcal/mol to 7.3 kcal/mol; at the end of MD, this interaction energy fluctuated from 11.3 kcal/mol to 12.5 kcal/mol. To emphasize the increase of the interaction energy during the MD process, we chose 6.2 kcal/mol and 12.5 kcal/mol at the beginning/end of MD, but the actual change of the interaction energy should be less obvious. In the present manuscript, we added the standard deviation when the interaction energy was analyzed.
Furthermore, it has been reported that the hydrogen bond energy is about 23.3 kj/mol (5.6 kcal/mol)， Therefore, basically the H-bond energy between tyrosine and nucleotide is reasonable.
大家觉得是否妥当？
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4楼2012-03-31 12:43:33
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伶仃未了

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-01 17:18:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by tuwenwuguan at 2012-03-31 12:43:33:
感谢楼上两位的回复。我试着这样回复如下：
The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation,  ...

跑MD后 可不可能形成多个氢键的形式，如环状氢键  这样的话键能应该会增加不少
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5楼2012-03-31 16:45:01
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itsok

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by itsok at 2012-03-30 18:21:36:
一般氢键键能范围：O—H … :N （29 kJ/mol 或 6.9 kcal/mol）O—H … :O （21 kJ/mol 或 5.0 kcal/mol）N—H … :N （13 kJ/mol 或 3.1 kcal/mol）N—H … :O （8 kJ/mol 或 1.9 kcal/mol）；如果是氨基酸，应该 ...

解释得挺好，氢键这块应该是圆过去了；不过好像这位审稿人还提到了'静电作用的增强"，氢键能量是不包括静电作用的，楼主这块是不是最好也要回答下？祝你文章接收顺利，好运
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做一个正直善良可爱的人
6楼2012-04-01 12:08:05
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tuwenwuguan

新虫 (正式写手)
关于静电作用，这位审稿人之前提出来说要分析这个氨基酸与核苷酸之间的能量主要是什么能量，于是我就分析了一下，发现作用能主要是“VDW 力和静电作用能，VDW变化不大，所以，能量变化来自于静电能的增加。

We analyzed the VDW Interaction Energy and Electrostatic Interaction Energy which constituted the interaction energy between Ser94 and dG, and we found the interaction energy was changed due to the increase of Electrostatic Interaction Energy, the VDW Interaction Energy varied little.
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7楼2012-04-01 14:57:22
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tuwenwuguan

新虫 (正式写手)
另外，我计算的是氨基酸与核苷酸之间的相互作用能变化是6 kcal/mol，审稿人说deltadeltaG应该是指的“吉布斯自由能”，两者是一回事吗？是不是审稿人自己不懂瞎问
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8楼2012-04-01 16:41:24
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