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tuwenwuguan新虫 (正式写手)
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帮忙看看审稿意见（有关氢键键能）
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文章已经是大修后让再次修改， 编辑说一句“请珍惜最后的修改机会”，吓得我不轻，还等着毕业。555，请高人不吝赐教！ the authors claim that energy for interaction energy between tyrosine and dG (nucleotide) increased from 6.2 kcal/mol to 12.5 kcal/mol after equilibrium and dynamic simulation. This corresponds to a deltadelta G of are greater than 6 kcal/mol, a value that is far too high for simple H-bonds or even a single electrostatic interaction. I do not believe this number has any real meaning. The authors must explain this in better detail. How is this caused by "enhanced electrostatic energy"? 这段话的意思是我计算得出的氢键能量审稿人觉得太高了吗？ 6kcal/mol，相当于24kj/mol，我查了百度，在氢键键能的范围啊 (12-25 kj/mol）。难道氢键键能范围不是这个吗？又如何解释这个问题呢？谢谢。 |
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2楼2012-03-30 13:14:43
3楼2012-03-30 18:21:36
tuwenwuguan
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感谢楼上两位的回复。我试着这样回复如下： The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation, the interaction energy fluctuated from 6 kcal/mol to 7.3 kcal/mol; at the end of MD, this interaction energy fluctuated from 11.3 kcal/mol to 12.5 kcal/mol. To emphasize the increase of the interaction energy during the MD process, we chose 6.2 kcal/mol and 12.5 kcal/mol at the beginning/end of MD, but the actual change of the interaction energy should be less obvious. In the present manuscript, we added the standard deviation when the interaction energy was analyzed. Furthermore, it has been reported that the hydrogen bond energy is about 23.3 kj/mol (5.6 kcal/mol)， Therefore, basically the H-bond energy between tyrosine and nucleotide is reasonable. 大家觉得是否妥当？ |
4楼2012-03-31 12:43:33
5楼2012-03-31 16:45:01
6楼2012-04-01 12:08:05
tuwenwuguan
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关于静电作用，这位审稿人之前提出来说要分析这个氨基酸与核苷酸之间的能量主要是什么能量，于是我就分析了一下，发现作用能主要是“VDW 力和静电作用能，VDW变化不大，所以，能量变化来自于静电能的增加。 We analyzed the VDW Interaction Energy and Electrostatic Interaction Energy which constituted the interaction energy between Ser94 and dG, and we found the interaction energy was changed due to the increase of Electrostatic Interaction Energy, the VDW Interaction Energy varied little. |
7楼2012-04-01 14:57:22
tuwenwuguan
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8楼2012-04-01 16:41:24
