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小猫三两只

金虫 (正式写手)

[求助] 套叠PCR

我想把基因内部的一段序列突变掉,采用套叠PCR的方法,两段PCR回收的大小分别为1400bp和200bp左右,但将这两段回收产物混合后作模板进行套叠,却怎么也扩不出目的带,请问是什么原因啊?我是大概按照浓度比1:1混合的,并且也试过不同体积的混合,结果都是一样,片段在250bp稍往上一点
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金虫 (正式写手)

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2楼: Originally posted by imyting at 2012-03-27 13:12:15:
你说的应该是重叠延伸PCR吧,第二步PCR的确比较难P,原因也多种多样,我看你还是在退火温度上琢磨一下吧,试试梯度之类的……这个P不出来的具体原因实在是很难分析,原因太多。重叠部分过短,重叠部分有非特异性结 ...

是一个基因内缺失一段,用的基因内引物就把缺失的那段跨过去,扩增出两段后,再用全长基因的上下游引物,PCR混合产物作模板扩增。梯度我也试过,没什么效果
3楼2012-03-27 15:50:13
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金虫 (正式写手)

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4楼: Originally posted by 敏敏8305 at 2012-03-27 18:10:25:
请问楼主是做关于噬菌体展示技术方面的吗?

呵呵,不是的,就是研究基因的功能,缺失掉一段看基因功能有没有变化
5楼2012-03-27 20:52:10
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6楼: Originally posted by whb21 at 2012-03-28 13:32:28:
很可能是引物设计的问题....不知道你要删去的片段有多大(几个氨基酸还是大片段),还有你删去片段的具体方法...所以原因不太好说。

中间去掉十几个氨基酸,就是用基因的上游引物作上游,在跨过这缺失的片段处的上下分别选择10几个碱基共20多个碱基作下游扩增得到第一个片段 ,同样再以这样的方法,以基因的末端作下游引物扩增得到第二个片段,再以这两个片段混合后作模板,用基因的全长引物扩增
9楼2012-03-28 22:50:35
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8楼: Originally posted by 果子么么茶 at 2012-03-28 19:34:52:

考虑模板浓度,重叠长短是否合适后
扩增之前不加全长引物,让其反应15-20个循环充分搭桥后,再加引物进行全长扩增,不知道你试过没
good luck!

得到的两个片段一个1400左右,一个200左右,浓度差不多。不加引物先循环是怎么回事,是将它们混合后作模板,不加引物配好体系按正常PCR程序进行15-20个循环,然后再拿出来加引物扩增吗?这样可以吗,你做过没
10楼2012-03-28 22:53:30
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7楼: Originally posted by lincy2010 at 2012-03-28 15:09:17:
这里的浓度比1:1是质量浓度还是摩尔浓度?应该要用摩尔浓度,因为发现你的两个片段大小相差较大。不过我之前做重叠延伸也没测浓度,看跑胶亮度差不多,切胶回收后按体积比1:1加的。不过估计问题应该不是出在这里, ...

这两段的重叠区就是扩增第一个片段的下游引物,和扩增第二个片段的上游引物,它们是反向互补序列。因为我要缺失10几个氨基酸,就在这对应的30多个碱基的前面找13个碱基,在它后面找13个碱基,这样的26个碱基的反向互补序列就作为扩增前面一个片段的下游引物,而本身序列就作为扩增第二个片段的上游序列
11楼2012-03-28 22:58:05
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13楼: Originally posted by 果子么么茶 at 2012-03-29 09:27:22:
先对照marker 计算出质量浓度后 换成摩尔浓度 1:1  
不加引物先循环是让两个片段互为引物扩增 使重叠区更好的搭桥 得到特异性扩增 之后扩增更好将全长扩出 我试过 但引物问题 没有扩出来 此做法有相关文献报道  ...

touchdown PCR我也试过,没扩出来。另外,我的重叠区应该是26bp吧,第一个片段的下游引物和第二个片段的上游引物是完全互补的,它们就是重叠的,这两个引物实际上是跨过了我要缺失的那一段,最终得到的基因就是我要的突变体
16楼2012-03-29 15:43:48
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7楼: Originally posted by lincy2010 at 2012-03-28 15:09:17:
这里的浓度比1:1是质量浓度还是摩尔浓度?应该要用摩尔浓度,因为发现你的两个片段大小相差较大。不过我之前做重叠延伸也没测浓度,看跑胶亮度差不多,切胶回收后按体积比1:1加的。不过估计问题应该不是出在这里, ...

“我一般把第二片段的上游引物的反向互补直接加到第一个片段的下游引物5‘端,所以overlap大概40bp左右。”按照你的做法,难道我引物设计的有问题?我的第一个片段的下游引物和第二个片段的上游引物是完全反向互补的,这两个引物跨过了我要缺失的片段,即引物序列的26个碱基,有13个是缺失区前面的,13个是缺失区后面的,这样这个重叠区就有26bp了。不过我实验室以前有人做过,就是这种方法做的,而且他缺失了100多个碱基,也是在缺失区的上下游各选13bp作引物
17楼2012-03-29 15:49:17
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