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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 套叠PCR
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

[求助] 套叠PCR

我想把基因内部的一段序列突变掉，采用套叠PCR的方法，两段PCR回收的大小分别为1400bp和200bp左右，但将这两段回收产物混合后作模板进行套叠，却怎么也扩不出目的带，请问是什么原因啊？我是大概按照浓度比1：1混合的，并且也试过不同体积的混合，结果都是一样，片段在250bp稍往上一点
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1楼 2012-03-27 12:38:44
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lincy2010 at 2012-03-28 15:09:17:
这里的浓度比1:1是质量浓度还是摩尔浓度？应该要用摩尔浓度，因为发现你的两个片段大小相差较大。不过我之前做重叠延伸也没测浓度，看跑胶亮度差不多，切胶回收后按体积比1:1加的。不过估计问题应该不是出在这里， ...

“我一般把第二片段的上游引物的反向互补直接加到第一个片段的下游引物5‘端，所以overlap大概40bp左右。”按照你的做法，难道我引物设计的有问题？我的第一个片段的下游引物和第二个片段的上游引物是完全反向互补的，这两个引物跨过了我要缺失的片段，即引物序列的26个碱基，有13个是缺失区前面的，13个是缺失区后面的，这样这个重叠区就有26bp了。不过我实验室以前有人做过，就是这种方法做的，而且他缺失了100多个碱基，也是在缺失区的上下游各选13bp作引物
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17楼2012-03-29 15:49:17
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖提供有帮助的信息！ 2012-03-27 19:17:27
你说的应该是重叠延伸PCR吧，第二步PCR的确比较难P，原因也多种多样，我看你还是在退火温度上琢磨一下吧，试试梯度之类的……这个P不出来的具体原因实在是很难分析，原因太多。重叠部分过短，重叠部分有非特异性结合等等，爱莫能助！
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悠哉游哉做实验，成兮败兮我随便
2楼2012-03-27 13:12:15
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by imyting at 2012-03-27 13:12:15:
你说的应该是重叠延伸PCR吧，第二步PCR的确比较难P，原因也多种多样，我看你还是在退火温度上琢磨一下吧，试试梯度之类的……这个P不出来的具体原因实在是很难分析，原因太多。重叠部分过短，重叠部分有非特异性结 ...

是一个基因内缺失一段，用的基因内引物就把缺失的那段跨过去，扩增出两段后，再用全长基因的上下游引物，PCR混合产物作模板扩增。梯度我也试过，没什么效果
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3楼2012-03-27 15:50:13
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敏敏8305

铜虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 应助指数-1, 希望以后不应助的话，不要点应助哦 2012-03-29 10:26:22
请问楼主是做关于噬菌体展示技术方面的吗？
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My heart will go on!
4楼2012-03-27 18:10:25
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