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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何做动力学模拟pdb文件
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志在必得

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何做动力学模拟pdb文件

比如我现在想做丙氨酸二肽在不同溶剂下的动力学模拟，但是首先它的pdb文件应该怎么制作，听说是要在protein data bank数据库中下载，我也去PDB数据库中找了一下，没有找到，应该怎么找啊，希望大家指点一下。本人还是新手。谢谢大家了。
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1楼 2012-03-09 16:40:08
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-13 09:37:46
志在必得: 金币+1 2012-03-23 15:10:07
大分子可以从数据库里下到pdb的 小分子没有的就自己模建 然后保存成pdb格式的出来就行了 祝你好运
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5楼2012-03-13 08:26:42
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 19:46:55
志在必得: 金币+2 2012-03-23 15:09:36
用chemfffice建模，然后保存为pdb文件。当然其他的建模软件也行
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-03-11 19:18:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-12 07:59:14
志在必得: 金币+1 2012-03-23 15:09:54
PDB数据库里只有蛋白质大分子的结构，如果要做小分子结构，你需要根据你自己要用的分子动力学模拟软件，通过特定的方式派生，比如GROMACS,有专门的prodrg~等等
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3楼2012-03-12 07:15:45
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w76990480

荣誉版主 (文坛精英)

super-emuch

优秀版主文献杰出贡献文献杰出贡献

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2012-03-13 07:55:18
志在必得: 金币+1 2012-03-23 15:10:00
用相关软件搭建结构，然后倒出成pdb结构
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专业文献求助
4楼2012-03-12 23:10:15
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