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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中Dynamic 运行出错，请高手指点，困扰很久了
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mimizong

新虫 (小有名气)

[求助] MS中Dynamic 运行出错，请高手指点，困扰很久了

MS中Dynamic 运行出错，请高手指点，困扰很久了。出错信息如下：
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000000000000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 10000000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 298.00 \
    ensemble = NVT \
    temperature_control_method = and ..."
已经把variable DEVIATION从5000增加到500000000000，还是出错。请高手不吝赐教
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1楼 2012-03-07 09:04:00
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chaih1

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 2012-03-07 18:20:05
Dynamic过程中，应该要对一些原子进行固定吧，你这是没固定所以会出现这种情况的吧
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2楼2012-03-07 09:38:48
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mimizong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaih1 at 2012-03-07 09:38:48:
Dynamic过程中，应该要对一些原子进行固定吧，你这是没固定所以会出现这种情况的吧

固定了也还是不行，不知道您还有没有别的方法，多谢
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3楼2012-03-07 09:44:40
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小骨头

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励 交流 2012-03-07 18:20:13
mimizong(金币+5): ★★★很有帮助 我发现了，嘿嘿，不过还是谢谢 2012-03-08 09:14:57
能量波动太大，优化一下再跑
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4楼2012-03-07 10:54:06
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lhllookatme

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励 交流 2012-03-07 18:20:19
mimizong(金币+5): ★★★很有帮助 嗯，已经这样做了，还是要感谢 2012-03-08 09:15:44
你的初始模型不合理，能量太大了。调整一下位置，重新算。
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5楼2012-03-07 16:58:27
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月上狼图

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaih1 at 2012-03-07 09:38:48
Dynamic过程中，应该要对一些原子进行固定吧，你这是没固定所以会出现这种情况的吧

能详细解释一下，什么叫固定一下原子位置吗？
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6楼2017-11-22 13:28:16
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