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【原创】Linux script cell2poscar.new for MS.cell to POSCAR
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#把该文件与*.cell文件保存在linux系统下同一目录中，命名为cell2poscar.new.运行dos2unix cell2poscar.new和chmod 777 cell2poscar.new. #*.cell为MS running后立即停止中生成的隐藏文件，显示隐藏文件夹后就可以看到。 #运行本脚本前，需要删除.cell文件%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC后面的所有内容,运行dos2unix *.cell. #运行时确保当前目录下仅有一个.cell文件。 #在命令提示符下输入"./cell2poscar.new"(引号内部分为命令)回车，生成文件为poscarfromcell.并询问生成POSCAR. #有好的修改建议或脚本请发邮件给：cenwanglai@163.com rm -i poscarfromcell echo "SYSTEM COMMENTS">>poscarfromcell echo 1 >>poscarfromcell #查找并输出格矢坐标 cat *.cell | grep -e '^[ ]\+[0-9]\+'>>poscarfromcell #数氧原子个数 L=$(grep -cw "O" *.cell) #数铈原子个数 M=$(grep -cw "Ce" *.cell) #数X原子个数，如果需要，删掉下一行开始的#，并替换“X” #N=$(grep -cw "X" *.cell) #输入各类原子个数,如果需要，下行中增加$N echo $L $M >> poscarfromcell echo "Selective Dynamic" >>poscarfromcell echo "Direct" >>poscarfromcell #找氧原子O坐标。高于0.09的原子三个方向弛豫；低于0.09的原子固定。 cat *.cell | awk '{if($1=="O" && $4 <=0.09) {print $2,$3,$4,"F F F"};if($1=="O"&& $4>0.09){print $2,$3,$4,"T T T"}}'>>poscarfromcell #找Ce原子坐标。根据实际情况替换"Ce" cat *.cell | awk '{if($1=="Ce" && $4 <="0.09"  {print $2,$3,$4,"F F F"};if($1=="Ce"&& $4>"0.09"{print $2,$3,$4,"T T T"}}'>>poscarfromcellcp -i poscarfromcell POSCAR #找X原子坐标，如果需要，删掉下一行开头的#,根据实际情况替换"X" #cat *.cell | awk '$1=="X" {print $2,$3,$4,"T T T"}'>>poscarfromcell [ Last edited by cenwanglai on 2010-4-30 at 20:19 ] |
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