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gromacs 模拟的一个条件判断
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请教大家一个技术性问题： 我现在用gromacs想模拟一个体系，采用NPT系宗，semiisotropic 加压的方法给模拟体系施加一个侧向压力，当模拟的盒子在xy平面的边长大于20nm的时候，施加侧正向压力，使盒子压缩，当压缩到20nm的时候，改为侧向负压力，使盒子扩张当盒子扩张到50nm的时候，再压缩。如此循环模拟，我要做5个这样的循环，如何在gromacs中设置呢？ 非常感谢各位指教 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+10): ★有帮助 非常感谢，我是需要在体系中施加压力的作用而产生变化。 2012-03-02 10:38:12
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jiaoyixiong(金币+10): ★有帮助 非常感谢，我是需要在体系中施加压力的作用而产生变化。 2012-03-02 10:38:12
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回答不了在gromacs里面怎么实现你的想法, 但是看你描述, 你想让体系在20nm和50nm之间振荡. 如果不是很关注在指定的压力下体系的变化(猜想这是你用NPT的原因?), 是不是可以用NVT, 将几步模拟串起来跑? 比如 DO I = 1, 5 (1) NVT, x=y=20nm, run for 1ns for equilibrium, followed by another 10 ns for statistics; (2) NVT, x=y=50nm, run for 1ns for equilibrium, followed by another 10 ns for statistics; END DO 我在lammps就常采用类似的做法. |
2楼2012-03-02 09:11:30
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