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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于3个水分子的粗粒化
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beanundersky

木虫 (小有名气)

[求助] 关于3个水分子的粗粒化

本人是DPD新手，看到很多文献中写着将3个水分子划分为1个珠子，不知道具体如何操作，能将3个水分子划分为一个珠子，哪位虫友能够指点下~多谢
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化朽为奇，工石为玉
1楼 2012-03-01 10:44:45
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B4-449

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-20 18:24:37
这是人为规定的，主要是为了各类别珠子体积相似。你的体系要先定一个标准，设置各珠子的大概尺寸，例如1nm3， 这样的话所有珠子的体系都接近1nm3。
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6楼2012-03-20 17:01:18
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2012-03-02 07:13:53
beanundersky(金币+1): ★有帮助 2012-03-02 10:11:46
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/cgtools/
的最后是四个水分子构成一个珠子

你参考以下修改为3个水分子构成一个珠子
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2楼2012-03-01 13:46:41
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beanundersky

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-01 13:46:41:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/cgtools/
的最后是四个水分子构成一个珠子

你参考以下修改为3个水分子构成一个珠子

我是在MS软件里建模...VMD建模后导入吗？还是在MS软件里有其他方法
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化朽为奇，工石为玉
3楼2012-03-01 15:47:45
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-02 07:14:07
beanundersky(金币+1): ★有帮助 2012-03-02 10:13:12
没有细节问题，如果真想弄清楚为什么DPD的一个粒子对应3个水分子，可以看看Groot在1997年JCP文章（107-4423），但实际上DPD 对应几个水分子，是你说了算的，看你的要求了。
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4楼2012-03-02 01:20:31
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