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beanundersky

木虫 (小有名气)

[求助] 关于3个水分子的粗粒化

本人是DPD新手,看到很多文献中写着将3个水分子划分为1个珠子,不知道具体如何操作,能将3个水分子划分为一个珠子,哪位虫友能够指点下~多谢
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化朽为奇,工石为玉
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2012-03-02 07:13:53
beanundersky(金币+1): ★有帮助 2012-03-02 10:11:46
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/cgtools/
的最后是四个水分子构成一个珠子

你参考以下修改为3个水分子构成一个珠子
2楼2012-03-01 13:46:41
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beanundersky

木虫 (小有名气)

引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-01 13:46:41:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/cgtools/
的最后是四个水分子构成一个珠子

你参考以下修改为3个水分子构成一个珠子

我是在MS软件里建模...VMD建模后导入吗?还是在MS软件里有其他方法
化朽为奇,工石为玉
3楼2012-03-01 15:47:45
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-02 07:14:07
beanundersky(金币+1): ★有帮助 2012-03-02 10:13:12
没有细节问题,如果真想弄清楚为什么DPD的一个粒子对应3个水分子,可以看看Groot在1997年JCP文章(107-4423),但实际上DPD 对应几个水分子,是你说了算的,看你的要求了。
4楼2012-03-02 01:20:31
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qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
beanundersky(金币+1): ★有帮助 2012-03-02 10:13:04
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-20 18:24:32
建议去查一下这个:

Professor Arun Yethiraj, Department of Chemistry, University of Wisconsin - Madison

http://yethiraj.chem.wisc.edu

记得他提了一个BMW模型, 关于水的DPD.
Life, Love, Laugh.
5楼2012-03-02 09:15:19
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B4-449

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-20 18:24:37
这是人为规定的,主要是为了各类别珠子体积相似。你的体系要先定一个标准,设置各珠子的大概尺寸,例如1nm3, 这样的话所有珠子的体系都接近1nm3。
6楼2012-03-20 17:01:18
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qphll

金虫 (正式写手)

不知道LZ还在关心这个吗? 最近刚好要准备上课的东西, 又在弄DPD, 有机会一起讨论.
Life, Love, Laugh.
7楼2012-03-22 10:27:56
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beanundersky

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by qphll at 2012-03-22 10:27:56:
不知道LZ还在关心这个吗? 最近刚好要准备上课的东西, 又在弄DPD, 有机会一起讨论.

讨论不敢说,要向您学习~~
化朽为奇,工石为玉
8楼2012-03-22 21:24:25
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B4-449

铁杆木虫 (著名写手)

这是设置体积大小时自定的,没啥特殊的方法和原则。
9楼2012-05-28 14:20:37
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beanundersky

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by B4-449 at 2012-05-28 14:20:37
这是设置体积大小时自定的,没啥特殊的方法和原则。

那三个水为一个珠子的溶解度参数和一个水为一个珠子的溶解度参数一致?
化朽为奇,工石为玉
10楼2012-05-29 09:21:45
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