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马马和虎虎

新虫 (小有名气)

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[交流] 荧光定量 Real time 引物设计为什么要跨内含子？

荧光定量PCR引物为什么要跨内含子设计，大家都说是为了避免提RNA时残留基因组的干扰，但是即使跨了内含子，假如有基因组残留，Real time PCR中还是能P出比cDNA大的一条带（含内含子的条带），探针同样会结合这条大的片段，不会只结合小的片段，还是会干扰定量，除非引物只能扩增cDNA，不能扩增基因组，那就不存在基因组的干扰了。很困惑，请各位指教。非常感谢。

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1楼 2012-02-27 21:56:05

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tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)

★
马马和虎虎(金币+1):谢谢参与
wenjing120(金币+1): 积极应助！ 2012-02-28 08:39:55

引物若跨内含子的话，引物仅能以3'端的一小部分结合基因组DNA，这样的话Tm会很低。在较高的退火温度下，引物几乎无法和基因组DNA结合来引发聚合，而主要是与能够完全配对的cDNA结合并引发反应。
http://zhidao.baidu.com/question/155967688.html

http://ask.bbioo.com/search/?q=% ... ;page=1&order=0

http://muchong.com/html/201004/1920944.html