24小时热门版块排行榜    

查看: 1307  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。

本人小白一个,才开始摸索Amber.我想问一下,我有一个高分子晶体,知道晶体参数,我该如何生成Amber的输入文件呢?我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题,现在只是抛砖引玉而已,如有高手指点,金币大量奉上。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

你好!我不知道怎么用MS建衣康酸的模型?
应该不是挨个添加原子的?
其他的有机化合物的坐标(我的本意是用ms产生xyz坐标)也不懂,向您请教!不胜感激!
人人都为幸福而来!将解决问题置于第一!
5楼2012-03-15 16:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算,谢谢你的建议。
3楼2012-03-02 09:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构,保存为pdb格式,使用amber进行操作,把高分子看做是配体小分子。
4楼2012-03-02 10:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 4/200 2026-03-16 21:52 by Losir
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 求调剂(材料与化工327) +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
信息提示
请填处理意见