24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1346  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。

本人小白一个,才开始摸索Amber.我想问一下,我有一个高分子晶体,知道晶体参数,我该如何生成Amber的输入文件呢?我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题,现在只是抛砖引玉而已,如有高手指点,金币大量奉上。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

你好!我不知道怎么用MS建衣康酸的模型?
应该不是挨个添加原子的?
其他的有机化合物的坐标(我的本意是用ms产生xyz坐标)也不懂,向您请教!不胜感激!
人人都为幸福而来!将解决问题置于第一!
5楼2012-03-15 16:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算,谢谢你的建议。
3楼2012-03-02 09:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构,保存为pdb格式,使用amber进行操作,把高分子看做是配体小分子。
4楼2012-03-02 10:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 338求调剂 +6 wxygxsaaaaa 2026-04-06 6/300 2026-04-08 01:14 by BruceLiu320
[考研] 0703化学调剂 348分 +10 唉我超真没招了 2026-04-06 10/500 2026-04-08 00:45 by JourneyLucky
[考研] 0854电子信息319求调剂(接受跨专业调剂) +5 星星不眨眼喽 2026-04-05 6/300 2026-04-07 22:16 by hemengdong
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +14 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-05 14/700 2026-04-07 22:02 by lijunpoly
[考研] 一志愿郑州大学材料与化工085600,求调剂 +34 吃的不少 2026-04-02 34/1700 2026-04-07 20:01 by lrll?l
[考研] 材料考研求调剂总分280 +23 mkjlz1 2026-04-06 26/1300 2026-04-07 15:58 by 啊俊!
[考研] 283求调剂 +18 A child 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:30 by 1018329917
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 338求调剂 +4 我想上岸ii 2026-04-05 4/200 2026-04-06 21:04 by 木子君1218
[考研] 一志愿南昌大学,085600,344分求调剂 +9 调剂上岸玘 2026-04-05 10/500 2026-04-06 09:30 by dongzh2009
[考研] 085600,320分求调剂 +16 大馋小子 2026-04-04 17/850 2026-04-06 07:58 by MOF_Catal
[考研] 331求调剂 +8 于征yz 2026-04-05 8/400 2026-04-06 00:54 by fmesaito
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 一志愿南农090401,268,求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 学硕288调剂!!! +3 小王xw123 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:20 by 啵啵啵0119
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 求调剂 +7 Aniyaio 2026-04-02 7/350 2026-04-02 16:42 by zzsw+
[考研] 353求调剂 +4 拉钩不许变 2026-04-01 4/200 2026-04-01 18:10 by 记事本2026
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
信息提示
请填处理意见