24小时热门版块排行榜    

查看: 1325  |  回复: 4

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。

本人小白一个,才开始摸索Amber.我想问一下,我有一个高分子晶体,知道晶体参数,我该如何生成Amber的输入文件呢?我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题,现在只是抛砖引玉而已,如有高手指点,金币大量奉上。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算,谢谢你的建议。
3楼2012-03-02 09:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构,保存为pdb格式,使用amber进行操作,把高分子看做是配体小分子。
4楼2012-03-02 10:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

你好!我不知道怎么用MS建衣康酸的模型?
应该不是挨个添加原子的?
其他的有机化合物的坐标(我的本意是用ms产生xyz坐标)也不懂,向您请教!不胜感激!
人人都为幸福而来!将解决问题置于第一!
5楼2012-03-15 16:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 903566945 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +6 Ncdx123456 2026-03-19 6/300 2026-03-20 17:40 by 无懈可击111
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[基金申请] 学校已经提交到NSFC,还能修改吗? 40+4 babangida 2026-03-19 8/400 2026-03-20 15:58 by babero
[考研] 265求调剂 +8 梁梁校校 2026-03-17 8/400 2026-03-20 14:40 by 27道科特
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +9 chaojifeixia 2026-03-19 10/500 2026-03-20 12:29 by lature00
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 一志愿北京化工大学0703化学318分,有科研经历,求调剂 +3 一瓶苯甲酸 2026-03-14 3/150 2026-03-19 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +10 秋有木北 2026-03-14 10/500 2026-03-19 05:52 by anny19840123
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
信息提示
请填处理意见