24小时热门版块排行榜    

查看: 1328  |  回复: 4

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。

本人小白一个,才开始摸索Amber.我想问一下,我有一个高分子晶体,知道晶体参数,我该如何生成Amber的输入文件呢?我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题,现在只是抛砖引玉而已,如有高手指点,金币大量奉上。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算,谢谢你的建议。
3楼2012-03-02 09:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构,保存为pdb格式,使用amber进行操作,把高分子看做是配体小分子。
4楼2012-03-02 10:41:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

你好!我不知道怎么用MS建衣康酸的模型?
应该不是挨个添加原子的?
其他的有机化合物的坐标(我的本意是用ms产生xyz坐标)也不懂,向您请教!不胜感激!
人人都为幸福而来!将解决问题置于第一!
5楼2012-03-15 16:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 903566945 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +5 holy J 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +14 曦熙兮 2026-03-15 14/700 2026-03-21 19:12 by ColorlessPI
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 生物学一志愿985,分数349求调剂 +3 zxts12 2026-03-21 3/150 2026-03-21 16:34 by 33来了真来了
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +3 沿岸有贝壳6 2026-03-21 3/150 2026-03-21 10:35 by 暮云清寒
[考研] 310求调剂 +3 baibai1314 2026-03-16 3/150 2026-03-21 03:56 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 +8 安全上岸! 2026-03-16 8/400 2026-03-20 22:13 by luoyongfeng
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
信息提示
请填处理意见