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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件,无PDB文件。

本人小白一个,才开始摸索Amber.我想问一下,我有一个高分子晶体,知道晶体参数,我该如何生成Amber的输入文件呢?我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题,现在只是抛砖引玉而已,如有高手指点,金币大量奉上。
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构,保存为pdb格式,使用amber进行操作,把高分子看做是配体小分子。
4楼2012-03-02 10:41:50
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chaizhm

木虫 (著名写手)

jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
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903566945

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算,谢谢你的建议。
3楼2012-03-02 09:59:49
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模,然后直接可以导出想要的数据格式

你好!我不知道怎么用MS建衣康酸的模型?
应该不是挨个添加原子的?
其他的有机化合物的坐标(我的本意是用ms产生xyz坐标)也不懂,向您请教!不胜感激!
人人都为幸福而来!将解决问题置于第一!
5楼2012-03-15 16:26:04
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