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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。

本人小白一个，才开始摸索Amber.我想问一下，我有一个高分子晶体，知道晶体参数，我该如何生成Amber的输入文件呢？我想算的是我的高分子晶体与蛋白质的相互作用。最好有详细的操作过程指点。金币不是问题，现在只是抛砖引玉而已，如有高手指点，金币大量奉上。
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1楼 2012-02-21 14:27:05
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903566945

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模，然后直接可以导出想要的数据格式

我们老板只让我用AMBER计算，谢谢你的建议。
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3楼2012-03-02 09:59:49
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chaizhm

木虫 (著名写手)
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-02-21 20:34:42
你可以试着用ms建模，然后直接可以导出想要的数据格式
赞一下(1人) 回复此楼

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903566945
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-02-21 20:02:32
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
903566945(金币+2): 2012-03-02 15:05:37
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-15 22:00:19
使用其他软件 建立好你的高分子晶体结构，保存为pdb格式，使用amber进行操作，把高分子看做是配体小分子。
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4楼2012-03-02 10:41:50
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-21 20:02:32:
你可以试着用ms建模，然后直接可以导出想要的数据格式

你好！我不知道怎么用MS建衣康酸的模型？
应该不是挨个添加原子的？
其他的有机化合物的坐标（我的本意是用ms产生xyz坐标）也不懂，向您请教！不胜感激！
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
5楼2012-03-15 16:26:04
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