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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lzn_t

木虫 (小有名气)

[求助] 怎样在DMol3 结构优化中使构型基本保持不变?

现已知同一物质存在两种不同结构a和b,已知晶胞(supercell)在不带电荷时a结构更为稳定;带有+1电荷时b更稳定。问题是:b结构的supercell在电中性下优化所得结果会变为a结构的supercell,但我需要得到b构型在电中性时的最优supercell,该如何实现?

[ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ]
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lzn_t

木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by souledge at 2012-02-20 22:07:37:
不知道LZ对于“基本构型”的理解是怎样的,这个词汇很暧昧,很难量化表示。
如果说是比例尺一样放大缩小,但各原子之间的空间对称关系保持不变,可以用分数坐标固定;如果说要各原子的绝对距离都不变,就要迪卡尔 ...

见4L
6楼2012-02-21 12:55:29
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1006094470

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:33:54
把所有原子选上,然后modify-constraints可不可以?
2楼2012-02-20 21:51:45
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:34:11
不知道LZ对于“基本构型”的理解是怎样的,这个词汇很暧昧,很难量化表示。
如果说是比例尺一样放大缩小,但各原子之间的空间对称关系保持不变,可以用分数坐标固定;如果说要各原子的绝对距离都不变,就要迪卡尔坐标固定。
相应的,还有在某轴向上固定其他轴向上变动之类的。
如果LZ想要的是,可以稍微构造变化一点,但是不要变化太多。比如正方体变成底比高为100:99的四方也可以接受,但是如果变成了不一定什么样子的结构就不能接受的话,那LZ就对电脑的智能期待太高了,或者,LZ的行为已经类似于“向着自己想要的结果上取优化”,从而与造结果没什么区别了……
思想重于技巧,内涵重于表象
3楼2012-02-20 22:07:37
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yadong80

铜虫 (小有名气)

WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-21 08:34:25
结构优化的原则应该是尊重实验结构,也就是优化后的结构与优化前的结构(实验结构)越接近越好,如果出入太大,就得检查优化的设置,或则程序本身了。如果真如楼主所说,结构优化能够产生这样大的结构调整,楼主应该检查一下设置了。
PS: 个人觉得,楼主的描述是在考察我们的思辨能力,a和b是同一物质,已经说明a的supercell在电中性时最稳定,b的supercell在带一个单位电荷时最稳定,那么在电中性条件下优化b的supercell,得到a的supercell有什么好奇怪的?我想程序想告诉你a的supercell就是电中性条件下b的最优supercell
楼主最好说的具体点,a和b的差异是什么?
4楼2012-02-20 23:16:44
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