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lzn_t木虫 (小有名气)
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怎样在DMol3 结构优化中使构型基本保持不变？
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现已知同一物质存在两种不同结构a和b，已知晶胞(supercell)在不带电荷时a结构更为稳定；带有+1电荷时b更稳定。问题是：b结构的supercell在电中性下优化所得结果会变为a结构的supercell，但我需要得到b构型在电中性时的最优supercell，该如何实现？ [ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ] |
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1006094470
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2楼2012-02-20 21:51:45
souledge
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不知道LZ对于“基本构型”的理解是怎样的，这个词汇很暧昧，很难量化表示。 如果说是比例尺一样放大缩小，但各原子之间的空间对称关系保持不变，可以用分数坐标固定；如果说要各原子的绝对距离都不变，就要迪卡尔坐标固定。 相应的，还有在某轴向上固定其他轴向上变动之类的。 如果LZ想要的是，可以稍微构造变化一点，但是不要变化太多。比如正方体变成底比高为100:99的四方也可以接受，但是如果变成了不一定什么样子的结构就不能接受的话，那LZ就对电脑的智能期待太高了，或者，LZ的行为已经类似于“向着自己想要的结果上取优化”，从而与造结果没什么区别了…… |
3楼2012-02-20 22:07:37
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-21 08:34:25
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结构优化的原则应该是尊重实验结构，也就是优化后的结构与优化前的结构（实验结构）越接近越好，如果出入太大，就得检查优化的设置，或则程序本身了。如果真如楼主所说，结构优化能够产生这样大的结构调整，楼主应该检查一下设置了。 PS: 个人觉得，楼主的描述是在考察我们的思辨能力，a和b是同一物质，已经说明a的supercell在电中性时最稳定，b的supercell在带一个单位电荷时最稳定，那么在电中性条件下优化b的supercell，得到a的supercell有什么好奇怪的？我想程序想告诉你a的supercell就是电中性条件下b的最优supercell 楼主最好说的具体点，a和b的差异是什么？ |
4楼2012-02-20 23:16:44
lzn_t
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是这样的，在电中性时两种结构均存在，虽然a结构的能量更低，也更稳定，但由于b结构向a结构转变时存在能量势垒，所以并非b结构在得到一个电子后一定会转变为a结构。本计算的初衷也是在建立电中性时两种结构的合理模型，然后寻找结构转变的能量路径(energy path of chemical reaction)。由于两种结构的supercell在建立时在某些细节之处没有可靠的数据可供使用，故而需先对所建立的模型结构优化，再计算其反应势垒。但现在问题是电中性时b优化结果即为a结构，无法将优化后的b作为reactant来对待。 另外，已验证在带有+1电荷时，a结构优化后不会变为b结构。因此，估计在电中性时两者之间势垒很小，而带有+1电荷时则势垒稍高。尽管如此，依然想得到其具体的势垒值，但怎样得到电中性时合理的b结构呢？ |
5楼2012-02-21 11:09:51
lzn_t
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