| 查看: 1938 | 回复: 7 | ||||
lzn_t木虫 (小有名气)
|
[求助]
怎样在DMol3 结构优化中使构型基本保持不变？
|
|
现已知同一物质存在两种不同结构a和b，已知晶胞(supercell)在不带电荷时a结构更为稳定；带有+1电荷时b更稳定。问题是：b结构的supercell在电中性下优化所得结果会变为a结构的supercell，但我需要得到b构型在电中性时的最优supercell，该如何实现？ [ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有6人回复
-
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向
已经有6人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
-
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
-
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求高人指点，Dmol3优化失败，不知道是哪里出错了
已经有3人回复- 怀疑不存在过渡态的反应，DMOL3用LST/QST 过渡态搜索，得到的结构和产物一样
已经有10人回复
- Dmol进行结构优化，calculate按钮是灰色的，怎么回事
已经有6人回复
- 【求助结束】结构优化很离奇，请问可能是什么原因？--初始构型不合理
已经有18人回复
- 【求助】VASP中，“结构优化”和“电子自洽计算”的关系？
已经有8人回复
- 【求助】C60富勒烯笼里面放了一个Fe原子，用Dmol3结构优化不收敛
已经有9人回复
- 【求助】怎样判断优化后的构型是稳定的、合理的？
已经有10人回复
- 【求助】Dmol3结构优化
已经有8人回复
- 【求助】DMol3优化参数的选择
已经有17人回复
1006094470
金虫 (小有名气)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 601.1
- 红花: 10
- 帖子: 177
- 在线: 39.8小时
- 虫号: 1352109
- 注册: 2011-07-21
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
2楼2012-02-20 21:51:45
souledge
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
- 红花: 108
- 帖子: 2814
- 在线: 916.1小时
- 虫号: 941486
- 注册: 2010-01-12
- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:34:11
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:34:11
|
不知道LZ对于“基本构型”的理解是怎样的，这个词汇很暧昧，很难量化表示。 如果说是比例尺一样放大缩小，但各原子之间的空间对称关系保持不变，可以用分数坐标固定；如果说要各原子的绝对距离都不变，就要迪卡尔坐标固定。 相应的，还有在某轴向上固定其他轴向上变动之类的。 如果LZ想要的是，可以稍微构造变化一点，但是不要变化太多。比如正方体变成底比高为100:99的四方也可以接受，但是如果变成了不一定什么样子的结构就不能接受的话，那LZ就对电脑的智能期待太高了，或者，LZ的行为已经类似于“向着自己想要的结果上取优化”，从而与造结果没什么区别了…… |
3楼2012-02-20 22:07:37
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-21 08:34:25
|
结构优化的原则应该是尊重实验结构，也就是优化后的结构与优化前的结构（实验结构）越接近越好，如果出入太大，就得检查优化的设置，或则程序本身了。如果真如楼主所说，结构优化能够产生这样大的结构调整，楼主应该检查一下设置了。 PS: 个人觉得，楼主的描述是在考察我们的思辨能力，a和b是同一物质，已经说明a的supercell在电中性时最稳定，b的supercell在带一个单位电荷时最稳定，那么在电中性条件下优化b的supercell，得到a的supercell有什么好奇怪的？我想程序想告诉你a的supercell就是电中性条件下b的最优supercell 楼主最好说的具体点，a和b的差异是什么？ |
4楼2012-02-20 23:16:44
lzn_t
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 3333.3
- 红花: 1
- 帖子: 196
- 在线: 296.5小时
- 虫号: 1101198
- 注册: 2010-09-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
是这样的，在电中性时两种结构均存在，虽然a结构的能量更低，也更稳定，但由于b结构向a结构转变时存在能量势垒，所以并非b结构在得到一个电子后一定会转变为a结构。本计算的初衷也是在建立电中性时两种结构的合理模型，然后寻找结构转变的能量路径(energy path of chemical reaction)。由于两种结构的supercell在建立时在某些细节之处没有可靠的数据可供使用，故而需先对所建立的模型结构优化，再计算其反应势垒。但现在问题是电中性时b优化结果即为a结构，无法将优化后的b作为reactant来对待。 另外，已验证在带有+1电荷时，a结构优化后不会变为b结构。因此，估计在电中性时两者之间势垒很小，而带有+1电荷时则势垒稍高。尽管如此，依然想得到其具体的势垒值，但怎样得到电中性时合理的b结构呢？ |
5楼2012-02-21 11:09:51
lzn_t
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 3333.3
- 红花: 1
- 帖子: 196
- 在线: 296.5小时
- 虫号: 1101198
- 注册: 2010-09-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2012-02-21 12:55:29
lzn_t
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 3333.3
- 红花: 1
- 帖子: 196
- 在线: 296.5小时
- 虫号: 1101198
- 注册: 2010-09-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2012-02-21 12:56:45
8楼2012-02-21 13:09:01