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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题

在用amber软件中，进行结合自由能计算与能量分解用MM-PBSA/GBSA方法，为了更深入地表示蛋白和氨基酸残基的相互作用，一般文献中会用相互作用能量和氨基酸残基数的一个关系图表示，我想问一下那个图是怎么作出来的~非常感谢！！！
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haiyanqian

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1楼2012-02-15 14:58:58
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by ferlich at 2012-02-22 17:04:49:
mm/pbsa里面可以做能量分解啊，可以把每个残基对结合能的贡献算出来。自带的例子里面有

恩，我也看了，试了一下用Origin软件是可以出图的，谢谢你呦~
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5楼2012-02-22 17:42:07
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by sfwere at 2012-02-22 17:41:43:
楼主是想问怎么出图的吧

是的呀，你知道呢？
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6楼2012-02-22 17:43:02
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
我主要是现在前面还没有跑平，恒温过程做出来的RMSd图一直是上升的，您有遇到过这个问题呢？
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8楼2012-02-23 11:00:54
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