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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 关于pdb文件
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ashikai

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 关于pdb文件

各位大侠，我从PDB上下了一个蛋白文件 1rh2，但各种模拟软件均只显示原子，没有键（见下图），这是怎么回事啊？
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1楼 2012-02-14 23:12:16
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-15 19:12:46
ashikai(金币+10): ★有帮助 2012-02-15 21:58:38
因为PDB文件里只有alpha-C原子的坐标
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2楼2012-02-15 18:22:55
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ashikai

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-02-15 18:22:55:
因为PDB文件里只有alpha-C原子的坐标

谢谢!
那能修复吗？或者有什么别的办法？我是学医的，这方面刚刚涉及。
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3楼2012-02-15 21:57:46
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 21:46:01
我用materials studio打开PDB文件后，对于文件中的结构的键用MS工具栏上的自动计算键之后，软件就会自动把键链接起来的，可能中间有些键会有错误，进行修改一下就可以了
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4楼2012-02-16 08:52:47
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yyuan8658

金虫 (正式写手)
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 21:46:09
PDB文件中只有alpha-C原子的坐标，即使能修复，准确性也不会高的。
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5楼2012-02-16 10:19:13
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