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ashikai

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 关于pdb文件

各位大侠,我从PDB上下了一个蛋白文件 1rh2,但各种模拟软件均只显示原子,没有键(见下图),这是怎么回事啊?
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-15 19:12:46
ashikai(金币+10): 有帮助 2012-02-15 21:58:38
因为PDB文件里只有alpha-C原子的坐标
2楼2012-02-15 18:22:55
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ashikai

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by yyuan8658 at 2012-02-15 18:22:55:
因为PDB文件里只有alpha-C原子的坐标

谢谢!
那能修复吗?或者有什么别的办法?我是学医的,这方面刚刚涉及。
3楼2012-02-15 21:57:46
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 21:46:01
我用materials studio打开PDB文件后,对于文件中的结构的键用MS工具栏上的自动计算键之后,软件就会自动把键链接起来的,可能中间有些键会有错误,进行修改一下就可以了
4楼2012-02-16 08:52:47
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 21:46:09
PDB文件中只有alpha-C原子的坐标,即使能修复,准确性也不会高的。
5楼2012-02-16 10:19:13
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