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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何构建木二糖分子力场
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wshzxcc

金虫 (小有名气)

[求助] 如何构建木二糖分子力场

本人正在做动力学模拟，模拟软件为NAMD，由于不知道怎么构建木二糖分子的力场使得后续工作无法继续下去。请求哪位高手的指点。谢谢
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自学成才
1楼 2012-02-13 16:24:19
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:54:05
你可以查查有没有相关的别人已经做出来的力场参数，如果有可以直接拿来使用。没有的话，你可以吧你的分子分成很多部分，针对每一部分查找参数，原则是化学环境一致即可。
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2楼2012-02-13 18:24:22
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:54:14
试试，看看glycan的力场里面有么有啊，链接：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/
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3楼2012-02-14 02:51:17
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

wshzxcc(金币+1): ★★★很有帮助 谢谢指点 2012-02-14 14:59:48
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-02-15 00:08:56
试试，看看glycan的力场里面有么有啊，glycan是一个专门做糖和糖聚合物的力场，木二糖应该属于这一类。链接：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/
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4楼2012-02-14 02:52:15
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-02-14 02:52:15:
试试，看看glycan的力场里面有么有啊，glycan是一个专门做糖和糖聚合物的力场，木二糖应该属于这一类。链接：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/

谢谢你的指点，请问你能帮助做一个木二糖的力场吗？实在不知道怎么做呢
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自学成才
5楼2012-02-14 15:01:11
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leo1252

金虫 (正式写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-05-05 12:32:52
引用回帖:
5楼: Originally posted by wshzxcc at 2012-02-14 15:01:11:
谢谢你的指点，请问你能帮助做一个木二糖的力场吗？实在不知道怎么做呢

说实话，我也是最近在研究做多糖的力场，知道这个东西可以做，并且不难，但是我自己的还没有时间做。所以你还是要自己先研究下。
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6楼2012-02-15 04:00:47
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-02-15 04:00:47:
说实话，我也是最近在研究做多糖的力场，知道这个东西可以做，并且不难，但是我自己的还没有时间做。所以你还是要自己先研究下。

谢谢回复，可以加个QQ聊吗？想请教你啊。这方面还不是很懂呢。你QQ多少呢
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自学成才
7楼2012-02-15 09:39:11
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陈应广

新虫 (初入文坛)
本人也是做糖链的模拟的，请问楼主的QQ多少？我的QQ：525342307，可以加我细谈。
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8楼2012-02-25 13:14:04
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wshzxcc

金虫 (小有名气)
已经解决
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自学成才
9楼2012-05-05 09:52:54
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