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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】力场建立中的二面角问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】力场建立中的二面角问题 已有2人参与


我想建立一个分子的力场，在二面角上遇到问题！分子如图所示，中心是C原子，连着三个CN氰基，整个分子带一个负电荷，所以是一个平面结构。现在的问题就是这个分子中的improper dihedrals有几个？我在建力场的时候只定义了2 4 1 5这一个，结果在产生tpr文件时，遇到错误Incorrect number of parameters - found 3, expected 2 or 4 for Improper Dih..！分子中还有其他二面角吗？请大家指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:19 ]
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1楼 2009-11-05 17:34:05
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-8 15:51
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-15 22:37
二面角有好多种啊，每个软件用的也都不一样，你应该是用gromacs吧，你仔细看下手册上二面角是怎么定义的。如果想偷懒，你的是小分子，直接用prodrg生成就行。总比你自己写的正确率高。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2009-11-07 23:54:53
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流！ 11-15 22:37
不像是拓扑问题，倒像是文件格式问题，把你的top文件发出来看看
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3楼2009-11-14 14:42:59
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suny2005

木虫 (小有名气)
就是力场文件问题
已经解决！
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4楼2009-11-14 19:04:00
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tianxingling

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也遇到同样的问题，能告知怎么解决的吗？谢谢！
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5楼2010-05-31 16:23:59
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alang3620

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16706393楼: Originally posted by suny2005 at 2009-11-14 19:04:00
就是力场文件问题
已经解决！

Incorrect number of parameters - found 3, expected 4 or 8 for Fourier Dih..
我也遇到这个问题，请问怎样解决？谢谢了
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-24 20:30:20
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