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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】力场建立中的二面角问题 已有2人参与


我想建立一个分子的力场,在二面角上遇到问题!分子如图所示,中心是C原子,连着三个CN氰基,整个分子带一个负电荷,所以是一个平面结构。现在的问题就是这个分子中的improper dihedrals有几个?我在建力场的时候只定义了2 4 1 5这一个,结果在产生tpr文件时,遇到错误Incorrect number of parameters - found 3, expected 2 or 4 for Improper Dih..!分子中还有其他二面角吗?请大家指教!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:19 ]
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-8 15:51
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流! 11-15 22:37
二面角有好多种啊,每个软件用的也都不一样,你应该是用gromacs吧,你仔细看下手册上二面角是怎么定义的。如果想偷懒,你的是小分子,直接用prodrg生成就行。总比你自己写的正确率高。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2009-11-07 23:54:53
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流! 11-15 22:37
不像是拓扑问题,倒像是文件格式问题,把你的top文件发出来看看
3楼2009-11-14 14:42:59
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suny2005

木虫 (小有名气)

就是力场文件问题
已经解决!
4楼2009-11-14 19:04:00
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tianxingling

金虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也遇到同样的问题,能告知怎么解决的吗?谢谢!
5楼2010-05-31 16:23:59
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alang3620

木虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
16706393楼: Originally posted by suny2005 at 2009-11-14 19:04:00
就是力场文件问题
已经解决!

Incorrect number of parameters - found 3, expected 4 or 8 for Fourier Dih..
我也遇到这个问题,请问怎样解决?谢谢了
6楼2012-09-24 20:30:20
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