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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】力场建立中的二面角问题
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】力场建立中的二面角问题 已有2人参与


我想建立一个分子的力场，在二面角上遇到问题！分子如图所示，中心是C原子，连着三个CN氰基，整个分子带一个负电荷，所以是一个平面结构。现在的问题就是这个分子中的improper dihedrals有几个？我在建力场的时候只定义了2 4 1 5这一个，结果在产生tpr文件时，遇到错误Incorrect number of parameters - found 3, expected 2 or 4 for Improper Dih..！分子中还有其他二面角吗？请大家指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:19 ]
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1楼 2009-11-05 17:34:05
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suny2005

木虫 (小有名气)
就是力场文件问题
已经解决！
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4楼2009-11-14 19:04:00
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