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surflex-dock对接问题
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本人分子模拟菜鸟一个，问题很弱很琐碎，希望各位大侠不要见笑。 1、本人用一同源建模的蛋白分子进行对接的，在对接过程中不要再将此蛋白能量优化了吧？ 2、在选择活性部位时，是用设计residue的半径来genereate的，据说还要调节T和B值？既然活性空腔已经定义为residue的半径生成的，调节T和B起什么作用？调节时需要注意什么呢？ 3、判断对接的可靠性，有蛋白结晶的可以抽取出原来的配体再去对接看RMSD值，那么同源建模来怎么判断呢？ 4、对接过程中设置的RMSD值是什么用途呢？ 5、对接结束后，生成了20个poses，怎么知道哪个poses是合理的，得分最高的那个？ 6、对接结束后，重复做一次，所有参数相同，对接的结果有时却相差很大，甚至Ligand在活性空腔的伸展方向都变了，好郁闷啊 |
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3楼2012-02-12 13:40:50