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surflex-dock对接问题
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本人分子模拟菜鸟一个，问题很弱很琐碎，希望各位大侠不要见笑。 1、本人用一同源建模的蛋白分子进行对接的，在对接过程中不要再将此蛋白能量优化了吧？ 2、在选择活性部位时，是用设计residue的半径来genereate的，据说还要调节T和B值？既然活性空腔已经定义为residue的半径生成的，调节T和B起什么作用？调节时需要注意什么呢？ 3、判断对接的可靠性，有蛋白结晶的可以抽取出原来的配体再去对接看RMSD值，那么同源建模来怎么判断呢？ 4、对接过程中设置的RMSD值是什么用途呢？ 5、对接结束后，生成了20个poses，怎么知道哪个poses是合理的，得分最高的那个？ 6、对接结束后，重复做一次，所有参数相同，对接的结果有时却相差很大，甚至Ligand在活性空腔的伸展方向都变了，好郁闷啊 |
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【答案】应助回帖
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励讨论 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金币+3): ★★★很有帮助 2012-02-12 13:36:55
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励讨论 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金币+3): ★★★很有帮助 2012-02-12 13:36:55
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1，一般文章上常规的做法是对接前要能量优化，对接后还要能量优化，目的是让结构稳定证明对接结果可靠。 2，我用ds做的对接没用过sybylTB值就不清楚具体是干嘛的了，一般只需要调节半径 3.实际说白了，虚拟对接这个东西还是很不靠谱的，每种对接算法都不是万能的，适用性准确性都很有限，而且关于柔性对接一些软件公司大肆宣传对接效果好，实际从使用者的反映来看多数不太认可，甚至认为不如半柔性对接效果好。关于对接可靠性个人认为要是能跟实验数据结果对的上号能解释通实验结果就可以了。 4，rmsd是指均方根偏差，也就是你计算的结果与制定的参照物的偏差大小，偏差越小说明结构越接近，设定这个值是指计算时候将结构偏差大的一些模型自动删除，相当于一个阈值。 5，说实话20个已经算是少的了，我算的时候一百多的都经常有。。。通常来说用打分函数排序来选，但个人认为你要是有湿实验结果的话当然可以用进去帮你找最优解。 6，再次说明柔性对接不靠谱，重复性较差。。。 以上是个人观点不一定准确，欢迎各位大侠拍砖探讨。。。 |
2楼2012-02-12 09:05:13
3楼2012-02-12 13:40:50
4楼2012-02-13 08:03:41