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mxlo.o

金虫 (正式写手)

[交流] 引物设计对转化的影响

最近对一种丝状真菌进行遗传改造，所需基因已经公布出来，so我直接在序列两端设计的引物，没想到能够扩增出来（我的菌株跟别人的同种但是是不同的菌系型）。最近发现不同的同种不同菌系型的另外一个基因在两端有核苷酸序列差异。那么我这样设计的引物是否对目的片段两端的序列有影响，对最终转化效果影响更大？
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1楼 2012-02-09 20:15:21
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
★
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mxlo.o(金币+1): 2012-02-11 09:49:17
“两端有核苷酸序列差异”是指两端UTR区有差异吗？
你设计的引物是在UTR区设计的还是正好在编码区呢？
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3楼2012-02-10 13:29:33
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)
★
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mxlo.o(金币+1): 2012-02-11 09:49:37
设在编码区更稳妥啊。哈哈。
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4楼2012-02-10 14:17:51
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mxlo.o

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 香菱儿 at 2012-02-10 13:29:33:
“两端有核苷酸序列差异”是指两端UTR区有差异吗？
你设计的引物是在UTR区设计的还是正好在编码区呢？

设在编码区，两端是从启示密码子和终止密码子开始设计引物的，但是因为是选的菌株跟别人使用的不同，担心会对引物区域核苷酸序列有影响？
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5楼2012-02-10 15:22:35
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mxlo.o

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-02-10 14:17:51:
设在编码区更稳妥啊。哈哈。

但是就因为设置在编码区才担心对引物结合区域核苷酸序列有影响，因为后期还要转化么
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6楼2012-02-10 15:23:52
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seahow

木虫 (著名写手)
★
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mxlo.o(金币+1): 2012-02-11 09:49:55
设计编码区；另外可以做一个内参照，看看体系问题。
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7楼2012-02-10 15:48:56
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
★
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我倒觉得在UTR区设计引物看能否扩出这个基因，如果能的话，再设计引物扩编码区
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8楼2012-02-10 18:17:46
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N2222楼
2012-02-09 20:55   回复  
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