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凌-强

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！

大侠们：
    小弟目前遇到的问题，我做的是肠道细菌多样性，在构建系统进化树的时候，用的是MEGA4.0，采用N-J法，需要选择一个outgroup，这个到底该怎么选择？我是一点头绪都不清楚，由于我的文章已经是处于返修了，所以很紧急，希望有人能帮我解决这个问题。
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1楼 2012-01-13 09:38:09
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌-强

银虫 (小有名气)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-02-09 19:58:07
请教了做过这种外群的，自己做了个，交给微生物学报通过了，说明我理解正确了。

外群就是指的是在你构树中，你的序列属于某几个群，那么你选择的这个外群只要不是你的这几个群就可以了，同时构建出来之后，这个外群最好是要成独立的一支，那么你就成功了。
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12楼2012-02-09 15:52:25
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刘文瑶

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是找一个类似，序列差异较大的菌吧，譬如你做曲霉属的系统发育树，找个青霉属的做外缘菌就可以啊
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7楼2012-01-16 10:54:52
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
外类群，是找一个比较古老的物种的基因，一起做树，为了确定你做系统树的物种是从哪里开始分化的
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10楼2012-01-16 11:09:05
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普通回帖

sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mega里没看见有这个参数呀  或许我没有找到，恭喜楼主啊  希望贴上 后续
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2楼2012-01-13 10:39:00
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:10
outgroup？不知道是不是说的bootstrap，如果是这个，参数值是1000，自己是这么做的
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因为这个世界上这么多的狼，我这只牧羊犬只好放弃我的温顺，向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-01-13 21:44:46
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国青lihe

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:18
outgroup就是外群，选择和你的序列相近的种作为外群构建系统发育树！
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4楼2012-01-13 23:09:37
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frankerry

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:24
解决了吗？看参考文献，和研究目标菌属存在较大差异的其他属模式菌的序列加到你的建树序列中，重新建树所得到的发育树。
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5楼2012-01-16 09:14:27
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咖啡杯

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我自己做的时候bootstrap参数值是1000
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6楼2012-01-16 10:32:02
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凌-强

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 痴客 at 2012-01-13 21:44:46:
outgroup？不知道是不是说的bootstrap，如果是这个，参数值是1000，自己是这么做的

谢谢，不是，我请教了下，目前有点懂了，等会了，再发表意见
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8楼2012-01-16 10:55:27
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凌-强

银虫 (小有名气)
谢谢各位，还是没能解决这个问题，还需大侠们帮助，外群不是bootstrap，这个我也弄的1000
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9楼2012-01-16 10:57:56
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