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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
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凌-强

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！

大侠们：
    小弟目前遇到的问题，我做的是肠道细菌多样性，在构建系统进化树的时候，用的是MEGA4.0，采用N-J法，需要选择一个outgroup，这个到底该怎么选择？我是一点头绪都不清楚，由于我的文章已经是处于返修了，所以很紧急，希望有人能帮我解决这个问题。
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1楼 2012-01-13 09:38:09
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖

★
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rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:10
outgroup？不知道是不是说的bootstrap，如果是这个，参数值是1000，自己是这么做的
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因为这个世界上这么多的狼，我这只牧羊犬只好放弃我的温顺，向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-01-13 21:44:46
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sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mega里没看见有这个参数呀  或许我没有找到，恭喜楼主啊  希望贴上 后续
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2楼2012-01-13 10:39:00
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国青lihe

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:18
outgroup就是外群，选择和你的序列相近的种作为外群构建系统发育树！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-01-13 23:09:37
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frankerry

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:24
解决了吗？看参考文献，和研究目标菌属存在较大差异的其他属模式菌的序列加到你的建树序列中，重新建树所得到的发育树。
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5楼2012-01-16 09:14:27
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