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凌-强

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌多样性,构建系统进化树中如何选择outgroup?急!!!!!!!

大侠们:
    小弟目前遇到的问题,我做的是肠道细菌多样性,在构建系统进化树的时候,用的是MEGA4.0,采用N-J法,需要选择一个outgroup,这个到底该怎么选择?我是一点头绪都不清楚,由于我的文章已经是处于返修了,所以很紧急,希望有人能帮我解决这个问题。
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凌-强

银虫 (小有名气)


zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-02-09 19:58:07
请教了做过这种外群的,自己做了个,交给微生物学报通过了,说明我理解正确了。

外群就是指的是在你构树中,你的序列属于某几个群,那么你选择的这个外群只要不是你的这几个群就可以了,同时构建出来之后,这个外群最好是要成独立的一支,那么你就成功了。
12楼2012-02-09 15:52:25
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sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
mega里没看见有这个参数呀  或许我没有找到,恭喜楼主啊  希望贴上 后续
2楼2012-01-13 10:39:00
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖


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rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:10
outgroup?不知道是不是说的bootstrap,如果是这个,参数值是1000,自己是这么做的
因为这个世界上这么多的狼,我这只牧羊犬只好放弃我的温顺,向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-01-13 21:44:46
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国青lihe

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


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rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:18
outgroup就是外群,选择和你的序列相近的种作为外群构建系统发育树!
4楼2012-01-13 23:09:37
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