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小白如水铁杆木虫 (小有名气)
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gromacs中g-hbond指令分析氢键
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比如我想分析C-H和F之间是否形成氢键，我先用make_ndx生成了索引， 定义了C-H(a C H 的指令)和F(a F指令)，这样定义正确么？ 然后我用g-hbond指令，先指定了C-H组后指定的F组(也就是先指定氢键供体后指定氢键受体的顺序)，然后出现错误，说没有氢键存在。不知道是不是我定义和指定的时候有错误，还是说我这个体系就不存在氢键呢。 另外我看说明书说g-hbond指令是以水的氢键为标准的，也就是0.35nm和30度为界限，是不是超过0.35nm的体系就认为没有氢键存在了呢？ 谢谢大家，请用过的虫子们指教  |
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0419xuhao
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