| 查看: 2122 | 回复: 1 | ||
小白如水铁杆木虫 (小有名气)
|
[求助]
gromacs中g-hbond指令分析氢键
|
|
比如我想分析C-H和F之间是否形成氢键，我先用make_ndx生成了索引， 定义了C-H(a C H 的指令)和F(a F指令)，这样定义正确么？ 然后我用g-hbond指令，先指定了C-H组后指定的F组(也就是先指定氢键供体后指定氢键受体的顺序)，然后出现错误，说没有氢键存在。不知道是不是我定义和指定的时候有错误，还是说我这个体系就不存在氢键呢。 另外我看说明书说g-hbond指令是以水的氢键为标准的，也就是0.35nm和30度为界限，是不是超过0.35nm的体系就认为没有氢键存在了呢？ 谢谢大家，请用过的虫子们指教  |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有7人回复
-
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有9人回复
-
最失望的一年
已经有17人回复
-
求推荐博导
已经有4人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有34人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有4人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 申请中遇到到问题，请大家帮我分析一下
已经有8人回复
- 钢材中夹杂物分析出Ca元素偏高，请问Ca的来源有哪些？
已经有11人回复
- 求助如何破坏尼龙12内部的氢键
已经有8人回复
- Li Na K Zn 金属有机化合物能否用6-31G 基组？
已经有6人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 求助氢键计算
已经有3人回复
- 请教超声波清洗时会打断氢键和离子键吗？
已经有7人回复
- 大家在讨论氢键作用时，一般会考虑多长的距离呀？
已经有12人回复
- 氢键类A类错误
已经有7人回复
- Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
已经有4人回复
- Gromacs实现的模拟
已经有3人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 水合物氢键分析判断
已经有5人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
- 【求助】discover 里面怎么分析氢键的键角和键长分布
已经有12人回复
0419xuhao
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2957.5
- 散金: 70
- 红花: 1
- 帖子: 104
- 在线: 71.6小时
- 虫号: 871726
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-01-12 11:03:53