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shielia新虫 (初入文坛)
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data文件可以导入vmd吗？
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| 要想看模拟初始原子的分布，那data文件可以导入vmd吗？ |
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paladinlee
铁杆木虫 (正式写手)
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2楼2012-01-12 02:49:17
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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安楼上的办法做就行了。 不过我是个懒人，懒人就会想懒办法： data文件格式类似这样： 5760 atoms 3600 bonds 5 atom types 2 bond types -60 60 xlo xhi -60 60 ylo yhi 0 40 zlo zhi Masses 1 10 2 1 3 1 4 1 5 1 Atoms 1 1 2 0 0 -12.75 1 2 1 2 0 0 -12.33 1 3 1 2 0 0 -11.91 1 4 1 2 0 0 -11.49 1 5 1 2 0 0 -11.07 1 6 1 2 0 0 -10.65 1 7 1 2 0 0 -10.23 1 8 1 2 0 0 -9.81 1 9 1 2 0 0 -9.39 1 10 1 2 0 0 -8.97 1 11 1 2 0 0 -8.55 1 。。。。。。。。。。。 此处省略好多数据 。。。。。。。。。。。 5755 0 5 1 2.7564 10.287 38 5756 0 5 1 2.8651 10.693 38 5757 0 5 1 2.9738 11.098 38 5758 0 5 1 3.0826 11.504 38 5759 0 5 1 3.1913 11.91 38 5760 0 5 1 3.2999 12.316 38 Bonds 1 1 1 2 2 1 2 3 3 1 3 4 4 1 4 5 5 1 5 6 6 1 6 7 7 1 7 8 8 1 8 9 9 1 9 10 10 1 10 11 。。。。。。。。。。。 此处又省略好多数据 。。。。。。。。。。。 3591 1 3591 3592 3592 1 3592 3593 3593 1 3593 3594 3594 1 3594 3595 3595 1 3595 3596 3596 1 3596 3597 3597 1 3597 3598 3598 1 3598 3599 3599 1 3599 3600 3600 2 3600 4474 其中Atoms Bonds 的格式你要看下手册就知道了http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html 我这个data数据选的是 full ，因此 Atoms 部分的七列分别是： atom-ID molecule-ID atom-type q x y z 你把Atoms 部分的内容复制出来，把 ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 5760 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp -15 15 -15 15 0 39 ITEM: ATOMS id mol type q x y z 加在Atoms 部分内容的上面，保存文件为：all.lammpstrj 双击all.lammpstrj 就可以用VMD 查看初始原子分布了。 这个 all.lammpstrj 文件 其实就相当于DUMP 或者 fix ave/spatial 输出的第一帧结果。你看下这几个命令，就知道如何在你自己的系统中修改参数 |
3楼2012-01-12 09:40:21
