应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond di
61/1返回列表
查看: 1140  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yangger

新虫 (初入文坛)

[求助] 导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond di

导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond distances greater than 0.0 angstrom. they will be shown as bonds. you may wish to edit them.
不知这个该怎么改？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
fd
1楼 2011-06-21 18:37:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingyun555

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
贺仪(金币+1): 多谢交流 2011-06-22 09:24:02
引用回帖:
Originally posted by yangger at 2011-06-21 18:37:25:
导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond distances greater than 0.0 angstrom. they will be shown as bonds. you may wish to edit them.
不知这个该怎么改？

不知楼主cif文件是从哪个数据库导出的? 用的是哪种MS版本呢？

一般现在较高级的版本导入cif都出问题
很多时候甚至是导不进去，导进去时容易出错，最好自己按cif数据手动导入
根据报错，是MS识别有些键的合理性问题
可以尝试modify_bonds 调节下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-21 22:28:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-06-22 10:05:41
yangger(金币+3): xiexie 2011-06-22 10:34:52
用其他的软件打开，在另存为那个格式的文件，然后再用你的软件打开就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-06-22 09:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangger

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qingyun555 at 2011-06-21 22:28:26:
不知楼主cif文件是从哪个数据库导出的? 用的是哪种MS版本呢？

一般现在较高级的版本导入cif都出问题
很多时候甚至是导不进去，导进去时容易出错，最好自己按cif数据手动导入
根据报错，是MS识别有些键的合 ...

怎么样手动cif数据导入？ symmetry和晶格常数，我知道怎么填入，但是键长和键角不知道在哪里设置？ 一共有28个原子
赞一下 回复此楼
fd
4楼2011-06-22 10:01:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangger

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-06-22 09:24:54:
用其他的软件打开，在另存为那个格式的文件，然后再用你的软件打开就可以了

你说的其他软件可以是diamond或者findit么？
赞一下 回复此楼
fd
5楼2011-06-22 10:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yangger at 2011-06-22 10:03:07:
你说的其他软件可以是diamond或者findit么？

我的意思是可能输入放入格式有点问题，通过一个软件转化一下的话估计可以
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2011-06-22 10:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yangger 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭