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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond di
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yangger

新虫 (初入文坛)

[求助] 导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond di

导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond distances greater than 0.0 angstrom. they will be shown as bonds. you may wish to edit them.
不知这个该怎么改？
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fd
1楼 2011-06-21 18:37:25
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qingyun555

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
贺仪(金币+1): 多谢交流 2011-06-22 09:24:02
引用回帖:
Originally posted by yangger at 2011-06-21 18:37:25:
导入cif文件，已有结构，但是在计算时报错说：data block yy contains bond distances greater than 0.0 angstrom. they will be shown as bonds. you may wish to edit them.
不知这个该怎么改？

不知楼主cif文件是从哪个数据库导出的? 用的是哪种MS版本呢？

一般现在较高级的版本导入cif都出问题
很多时候甚至是导不进去，导进去时容易出错，最好自己按cif数据手动导入
根据报错，是MS识别有些键的合理性问题
可以尝试modify_bonds 调节下
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2楼2011-06-21 22:28:26
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-06-22 10:05:41
yangger(金币+3): xiexie 2011-06-22 10:34:52
用其他的软件打开，在另存为那个格式的文件，然后再用你的软件打开就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-06-22 09:24:54
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yangger

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qingyun555 at 2011-06-21 22:28:26:
不知楼主cif文件是从哪个数据库导出的? 用的是哪种MS版本呢？

一般现在较高级的版本导入cif都出问题
很多时候甚至是导不进去，导进去时容易出错，最好自己按cif数据手动导入
根据报错，是MS识别有些键的合 ...

怎么样手动cif数据导入？ symmetry和晶格常数，我知道怎么填入，但是键长和键角不知道在哪里设置？ 一共有28个原子
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fd
4楼2011-06-22 10:01:41
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yangger

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-06-22 09:24:54:
用其他的软件打开，在另存为那个格式的文件，然后再用你的软件打开就可以了

你说的其他软件可以是diamond或者findit么？
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fd
5楼2011-06-22 10:03:07
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yangger at 2011-06-22 10:03:07:
你说的其他软件可以是diamond或者findit么？

我的意思是可能输入放入格式有点问题，通过一个软件转化一下的话估计可以
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2011-06-22 10:05:35
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