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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » data文件可以导入vmd吗？
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shielia

新虫 (初入文坛)

[求助] data文件可以导入vmd吗？

要想看模拟初始原子的分布，那data文件可以导入vmd吗？
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1楼 2012-01-08 19:59:17
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-12 09:19:44
不能直接导入，要按VMD的格式编个小程序读一遍再导入
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我是胖人，不是粗人
2楼2012-01-12 02:49:17
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
安楼上的办法做就行了。

不过我是个懒人，懒人就会想懒办法：
data文件格式类似这样：


   5760 atoms
      3600 bonds
      5 atom types
      2 bond types
      -60 60 xlo xhi
      -60 60 ylo yhi
      0  40 zlo zhi       
     
Masses

1 10
2 1
3 1
4 1
5 1


Atoms

1 1 2 0 0 -12.75 1
2 1 2 0 0 -12.33 1
3 1 2 0 0 -11.91 1
4 1 2 0 0 -11.49 1
5 1 2 0 0 -11.07 1
6 1 2 0 0 -10.65 1
7 1 2 0 0 -10.23 1
8 1 2 0 0 -9.81 1
9 1 2 0 0 -9.39 1
10 1 2 0 0 -8.97 1
11 1 2 0 0 -8.55 1
。。。。。。。。。。。
此处省略好多数据
。。。。。。。。。。。
5755 0 5 1 2.7564 10.287 38
5756 0 5 1 2.8651 10.693 38
5757 0 5 1 2.9738 11.098 38
5758 0 5 1 3.0826 11.504 38
5759 0 5 1 3.1913 11.91 38
5760 0 5 1 3.2999 12.316 38

Bonds

1 1 1 2
2 1 2 3
3 1 3 4
4 1 4 5
5 1 5 6
6 1 6 7
7 1 7 8
8 1 8 9
9 1 9 10
10 1 10 11
。。。。。。。。。。。
此处又省略好多数据
。。。。。。。。。。。
3591 1 3591 3592
3592 1 3592 3593
3593 1 3593 3594
3594 1 3594 3595
3595 1 3595 3596
3596 1 3596 3597
3597 1 3597 3598
3598 1 3598 3599
3599 1 3599 3600
3600 2 3600 4474

其中Atoms  Bonds  的格式你要看下手册就知道了http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html
我这个data数据选的是 full  ，因此 Atoms  部分的七列分别是：
atom-ID molecule-ID atom-type q x y z
你把Atoms 部分的内容复制出来，把

ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
5760
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
-15 15
-15 15
0 39
ITEM: ATOMS id mol type q  x y z        
加在Atoms  部分内容的上面，保存文件为：all.lammpstrj

双击all.lammpstrj 就可以用VMD 查看初始原子分布了。

这个 all.lammpstrj  文件 其实就相当于DUMP 或者 fix ave/spatial 输出的第一帧结果。你看下这几个命令，就知道如何在你自己的系统中修改参数
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3楼2012-01-12 09:40:21
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