24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1015  |  回复: 6

SCUZhang

新虫 (小有名气)

[求助] Ow-H...O的形成判断问题

小弟不是很懂晶体,但最近投的一篇文章涉及到一个晶体,回来的审稿意见中提出氢键(Ow-H...O)的形成与否应该看给体和受体间的距离,而我的晶体数据中只标注(Ow-H...O)的距离小于范德华半径。
好像有文章说不能只和范德华半径相比,那样不准确。小弟就不是很清楚怎么来判定H键形成了没?这个应该和什么进行比较来最终判定H键的形成与否?是需要和数据库的进行?哪个数据库中有啊?
望请各位高手指点一下小弟迷津,感激不尽啊!!!!
能提供点实例最好哈!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流 2012-01-05 10:06:38
SCUZhang(金币+40): 10 2012-01-05 11:27:56
这个利用解晶体的程序就可以判断。加完氢后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氢键列表了。
2楼2012-01-05 00:19:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SCUZhang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by knight1014 at 2012-01-05 00:19:47:
这个利用解晶体的程序就可以判断。加完氢后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氢键列表了。

有没有简单点的操作啊,不会啊。我只会简单的mercury中的measure distance。。。
3楼2012-01-05 08:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流 2012-01-05 10:06:52
huangjr(金币+5): 感谢积极回帖交流~ 2012-01-05 12:22:58
H键应该是精修产生的,如2楼所说。不适合用其它软件人为的指定。
MERCURY有显示可能存在的H键功能,但必须在INS文件中加入相关的HTAB命令,使之在CIF中体现出来。
4楼2012-01-05 09:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SCUZhang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by yytsnake at 2012-01-05 09:15:14:
H键应该是精修产生的,如2楼所说。不适合用其它软件人为的指定。
MERCURY有显示可能存在的H键功能,但必须在INS文件中加入相关的HTAB命令,使之在CIF中体现出来。

Table 7. Specified hydrogen bonds (with esds except fixed
           and riding H) for zxq6.

D-H          H...A        D...A        <(DHA)

0.82         2.09         2.879(10)    160.4        O6-H6...OW_$1
0.73(10)     2.39(11)     2.996(7)     141(10)      OW-H1W...O1_$1
0.73(10)     2.64(10)     3.226(8)     139(10)      OW-H1W...O2_$1
0.69(7)      2.29(8)      2.917(8)     152(8)       OW-H2W...O4_$1


这是我的晶体数据中一个tab命名的word文档中的数据,这个表格中列出来的酒可以肯定是晶体中已经生成了这些氢键了?感谢啊
5楼2012-01-05 09:43:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huangjr(金币+5): 感谢积极回帖交流~ 2012-01-05 12:23:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by SCUZhang at 2012-01-05 09:43:48:
Table 7. Specified hydrogen bonds (with esds except fixed
           and riding H) for zxq6.

D-H          H...A        D...A        <(DHA)

0.82         2.09         2.879(10)    160.4  ...

应该是已经有H键了。其它的还要看CHECKCIF的结论。
6楼2012-01-05 09:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SCUZhang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by yytsnake at 2012-01-05 09:55:33:
应该是已经有H键了。其它的还要看CHECKCIF的结论。

最后问您一个问题,我有这个表格做支持,就可以在文章中说明我的晶体中生成了氢键了?还需不需要和什么已有的氢键数据做比较呢?是不是氢键之间没有什么可比性哦?
7楼2012-01-05 10:07:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 SCUZhang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +17 梁富贵险中求 2026-04-04 18/900 2026-04-08 22:53 by may_新宇
[考研] 调剂 +19 不逢春 2026-04-07 20/1000 2026-04-08 22:50 by bljnqdcc
[考研] 一志愿211,0703化学305分求调剂 +20 严西西戏 2026-04-06 26/1300 2026-04-08 22:12 by 凯凯要变帅
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +20 努力奋斗112 2026-04-07 21/1050 2026-04-08 14:54 by screening
[考研] 材料专硕 调剂 +17 CXN123456 2026-04-03 17/850 2026-04-08 11:10 by lijunpoly
[考研] 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-04 4/200 2026-04-08 08:41 by barlinike
[考研] 316求调剂 +4 15318418673 2026-04-07 4/200 2026-04-07 22:12 by hemengdong
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 信工所11408 340分 本科西安交大自动化 +3 moontrek 2026-04-06 3/150 2026-04-07 09:56 by chongya
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-05 5/250 2026-04-06 15:40 by lin-da
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 5/250 2026-04-06 15:22 by wos666
[考研] 生物学求调剂 +5 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-06 11:56 by lijunpoly
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 285求调剂 +8 AZMK 2026-04-02 11/550 2026-04-02 20:16 by yulian1987
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
[考研] 348求调剂 +6 吴彦祖24k 2026-04-02 6/300 2026-04-02 14:07 by 给你你注意休息
信息提示
请填处理意见