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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » Ow-H...O的形成判断问题
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SCUZhang

新虫 (小有名气)

[求助] Ow-H...O的形成判断问题

小弟不是很懂晶体，但最近投的一篇文章涉及到一个晶体，回来的审稿意见中提出氢键（Ow-H...O)的形成与否应该看给体和受体间的距离，而我的晶体数据中只标注（Ow-H...O)的距离小于范德华半径。
好像有文章说不能只和范德华半径相比，那样不准确。小弟就不是很清楚怎么来判定H键形成了没？这个应该和什么进行比较来最终判定H键的形成与否？是需要和数据库的进行？哪个数据库中有啊？
望请各位高手指点一下小弟迷津，感激不尽啊！！！！
能提供点实例最好哈！！！
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1楼 2012-01-04 22:23:03
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流 2012-01-05 10:06:38
SCUZhang(金币+40): 10 2012-01-05 11:27:56
这个利用解晶体的程序就可以判断。加完氢后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氢键列表了。
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2楼2012-01-05 00:19:47
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SCUZhang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by knight1014 at 2012-01-05 00:19:47:
这个利用解晶体的程序就可以判断。加完氢后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氢键列表了。

有没有简单点的操作啊，不会啊。我只会简单的mercury中的measure distance。。。
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3楼2012-01-05 08:58:11
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流 2012-01-05 10:06:52
huangjr(金币+5): 感谢积极回帖交流~ 2012-01-05 12:22:58
H键应该是精修产生的，如2楼所说。不适合用其它软件人为的指定。
MERCURY有显示可能存在的H键功能，但必须在INS文件中加入相关的HTAB命令，使之在CIF中体现出来。
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4楼2012-01-05 09:15:14
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SCUZhang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yytsnake at 2012-01-05 09:15:14:
H键应该是精修产生的，如2楼所说。不适合用其它软件人为的指定。
MERCURY有显示可能存在的H键功能，但必须在INS文件中加入相关的HTAB命令，使之在CIF中体现出来。

Table 7. Specified hydrogen bonds (with esds except fixed
           and riding H) for zxq6.

D-H          H...A        D...A        <(DHA)

0.82         2.09         2.879(10)    160.4        O6-H6...OW_$1
0.73(10)     2.39(11)     2.996(7)     141(10)      OW-H1W...O1_$1
0.73(10)     2.64(10)     3.226(8)     139(10)      OW-H1W...O2_$1
0.69(7)      2.29(8)      2.917(8)     152(8)       OW-H2W...O4_$1


这是我的晶体数据中一个tab命名的word文档中的数据，这个表格中列出来的酒可以肯定是晶体中已经生成了这些氢键了？感谢啊
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5楼2012-01-05 09:43:48
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huangjr(金币+5): 感谢积极回帖交流~ 2012-01-05 12:23:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by SCUZhang at 2012-01-05 09:43:48:
Table 7. Specified hydrogen bonds (with esds except fixed
           and riding H) for zxq6.

D-H          H...A        D...A        <(DHA)

0.82         2.09         2.879(10)    160.4  ...

应该是已经有H键了。其它的还要看CHECKCIF的结论。
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6楼2012-01-05 09:55:33
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SCUZhang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yytsnake at 2012-01-05 09:55:33:
应该是已经有H键了。其它的还要看CHECKCIF的结论。

最后问您一个问题，我有这个表格做支持，就可以在文章中说明我的晶体中生成了氢键了？还需不需要和什么已有的氢键数据做比较呢？是不是氢键之间没有什么可比性哦？
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7楼2012-01-05 10:07:58
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