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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 请教如何找内含子，求教高手，急！！
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ayaya007

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何找内含子，求教高手，急！！

现在已知番茄中一个基因的cDNA序列，但是NCBI上没有登录号，我想设计跨内含子引物做RT-PCR，该品种刚刚被测序，我是否需要把cDNA与基因组DNA比对，然后找出内含子部分，在其两侧设计上下游引物呢?
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1楼 2011-12-26 21:31:09
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dkoo1jxau

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jhu132llh(金币+3): 鼓励积极参与讨论 2011-12-30 16:46:26
可以先跟基因组的DNA草图序列比对，然后根据比对结果再来设计RT-pcr的引物，成功率比较高，而且有说服力。但是最好能跟其它的EST序列一起进行比对，这样能够更好的说明你对实验考虑的更周到。
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4楼2011-12-30 15:05:45
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jiaxinfish

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jhu132llh(金币+2): 鼓励积极参与讨论 2011-12-29 10:24:31
最保险的方法是用cDNA的2端设引物，用基因组DNA扩，测序，看有没有intron，说不定还没有，现在很多基因都没有intron
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2楼2011-12-26 21:58:19
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xubo7

木虫之王 (文坛精英)

小木虫
★
jhu132llh(金币+1): 鼓励积极参与讨论 2011-12-30 16:46:12
虽然不太懂，但是觉得想法应该是正确的，比对后多余的就是内含子，这样做后RT结果也理想的话，那发文章的时候也比较有底气。
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人的品德很重要！！！不能失去德行！！！
3楼2011-12-30 09:22:32
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)

金花家族创始人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同意1L的说法，4L的也较好
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5楼2012-03-02 18:35:11
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