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ayaya007

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何找内含子,求教高手,急!!

现在已知番茄中一个基因的cDNA序列,但是NCBI上没有登录号,我想设计跨内含子引物做RT-PCR,该品种刚刚被测序,我是否需要把cDNA与基因组DNA比对,然后找出内含子部分,在其两侧设计上下游引物呢?
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dkoo1jxau

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jhu132llh(金币+3): 鼓励积极参与讨论 2011-12-30 16:46:26
可以先跟基因组的DNA草图序列比对,然后根据比对结果再来设计RT-pcr的引物,成功率比较高,而且有说服力。但是最好能跟其它的EST序列一起进行比对,这样能够更好的说明你对实验考虑的更周到。
4楼2011-12-30 15:05:45
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jiaxinfish

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jhu132llh(金币+2): 鼓励积极参与讨论 2011-12-29 10:24:31
最保险的方法是用cDNA的2端设引物,用基因组DNA扩,测序,看有没有intron,说不定还没有,现在很多基因都没有intron
2楼2011-12-26 21:58:19
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xubo7

木虫之王 (文坛精英)

小木虫


jhu132llh(金币+1): 鼓励积极参与讨论 2011-12-30 16:46:12
虽然不太懂,但是觉得想法应该是正确的,比对后多余的就是内含子,这样做后RT结果也理想的话,那发文章的时候也比较有底气。
人的品德很重要!!!不能失去德行!!!
3楼2011-12-30 09:22:32
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)

金花家族创始人

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同意1L的说法,4L的也较好
5楼2012-03-02 18:35:11
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