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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大侠们，我有一个2kb左右的基因，但我想寻找上下游的序列，改咋做呢？
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gms2010

铜虫 (初入文坛)

[求助] 大侠们，我有一个2kb左右的基因，但我想寻找上下游的序列，改咋做呢？

大侠们，我有一个2kb左右的基因，但我想寻找上下游的序列，该咋做呢？
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1楼 2011-12-26 11:43:36
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+6): good！欢迎常来！ 2011-12-27 14:45:17
如果是已测序的基因组，就很简单：直接blast就可以了
如果是未进行基因组测序的物种，那么可以利用基因组DNA按照侧翼序列克隆方案去克隆两端序列（好像是有成熟的kit提供全套的解决方案，你可以仔细查一查）
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gms2010
2楼2011-12-26 21:07:13
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blackrose8089
引用回帖:
2楼: Originally posted by panda73 at 2011-12-26 21:07:13:
如果是已测序的基因组，就很简单：直接blast就可以了
如果是未进行基因组测序的物种，那么可以利用基因组DNA按照侧翼序列克隆方案去克隆两端序列（好像是有成熟的kit提供全套的解决方案，你可以仔细查一查）

3楼2011-12-26 21:28:35
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-12-29 16:26:33
Tail PCR 是对已知序列插入位点鉴定的有效方法
赞一下(1人) 回复此楼
一直向前！
4楼2011-12-27 07:59:44
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jting0912

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励新虫 2011-12-29 16:26:50
到NCBI上找你所要的全部序列，发送到你的文件夹里，使用Vector NTI软件对你的目的基因定位，目的基因前后就是你要的上下游序列。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-12-27 09:15:34
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gms2010

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by panda73 at 2011-12-26 21:07:13:
如果是已测序的基因组，就很简单：直接blast就可以了
如果是未进行基因组测序的物种，那么可以利用基因组DNA按照侧翼序列克隆方案去克隆两端序列（好像是有成熟的kit提供全套的解决方案，你可以仔细查一查）

太感谢了！
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6楼2011-12-27 09:36:45
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wanggl2004

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+2): 有道理！ 2011-12-29 09:11:20
如果基因组没有测序，采用genome walking的方法，有这样的试剂盒，谷歌一下就能找到！
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思考是行动的种子！
7楼2011-12-27 11:13:54
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jxnufangle

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wanggl2004 at 2011-12-27 11:13:54:
如果基因组没有测序，采用genome walking的方法，有这样的试剂盒，谷歌一下就能找到！

对，这样简单有效
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8楼2011-12-28 19:34:39
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wanggl2004

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jxnufangle at 2011-12-28 19:34:39:
对，这样简单有效

恩！
9楼2011-12-28 21:26:10
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