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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD分子体系平衡和分子动力学模拟
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iovvoi

金虫 (小有名气)

[求助] NAMD分子体系平衡和分子动力学模拟

体系平衡的conf文件是什么？
分子动力学模拟的conf文件是什么？
两者有什么区别？
NAMD的pbs脚本怎么写？
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1楼 2011-12-20 12:10:22
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sqfn

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-12-21 18:59:23
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:07:25
平衡和MD区别不大，主要是看你得体系和MD的目的。平衡有的时候只是在complex体系加上弱的harmonic restraint，当然有时候也可以完全和MD一样，不加限制，让体系自由跑。conf文件你可以参考namd的tutorial中的MD的conf，进行适当修改就可以了
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10楼2011-12-20 20:46:49
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iovvoi

金虫 (小有名气)
感谢机器人帮忙顶贴
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2楼2011-12-20 12:11:27
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iovvoi

金虫 (小有名气)
再次感谢机器人帮忙顶贴
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3楼2011-12-20 12:12:00
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iovvoi

金虫 (小有名气)
三次感谢机器人帮忙顶贴
赞一下 回复此楼
4楼2011-12-20 12:12:31
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