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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 跑SMD过程中，分子已经拉出表面5nm结果力的大小还在波动会有什么原因？
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

[求助] 跑SMD过程中，分子已经拉出表面5nm结果力的大小还在波动会有什么原因？

跑拉伸分子动力学过程中，分子拉出表面5nm结果力还在波动如下图
有那些可能因素，求高人指教！

F-t



X-t
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1楼 2011-12-15 21:28:27
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jawang at 2011-12-16 10:59:02:
没有放溶剂不是更应该有些波动的吗？配体处于不同位置与蛋白的吸引力是不大一样的。

但是拉伸组跟参考组彻底分离了，而且相距6个nm还有相互作用，这已经超过截断半径了呀。是我什么设置错误了呢，还是正常就是这样？
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5楼2011-12-18 21:25:31
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-16 21:36:12
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-18 22:40:48
楼主的力的波动应该算比较小了，因为溶液中得离子分布不会非常均匀，可能存在一定的扰动的吧，个人意见
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-12-16 08:32:15
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jawang at 2011-12-16 08:32:15:
楼主的力的波动应该算比较小了，因为溶液中得离子分布不会非常均匀，可能存在一定的扰动的吧，个人意见

但是我没有放溶剂吖，因为刚入门，所以是在真空中跑的。
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3楼2011-12-16 08:55:33
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-16 21:36:24
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-18 22:40:31
草莓米粑(金币+3): ★有帮助 2011-12-22 09:24:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2011-12-16 08:55:33:
但是我没有放溶剂吖，因为刚入门，所以是在真空中跑的。

没有放溶剂不是更应该有些波动的吗？配体处于不同位置与蛋白的吸引力是不大一样的。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-12-16 10:59:02
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