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zhugezilong木虫 (著名写手)
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[求助]
求助进行蛋白质分子缺失残基修补
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在对FMO蛋白质分子进行MD研究。发现其分子中213-215残基缺失。类似的蛋白分子这一段都没能给出，氨基酸序列是知道的。尝试着用Swiss-pdbviewer 和swiss-model中的同源建模进行残基修补。先用这一段完整的序列建了一段把序列提交后显示0条匹配，然后和要修补的蛋白进行fit的时候，其它氨基酸都进行fit了，但213-215部分总是显示坐标为9999.99，没办法进行修补。当点击build loop的时候总是先在212和216补上两个端基，然后说不能进行loop。 在这方面是新手，不知道有没有哪位能帮我将这段缺失的残基给补上。非常感谢。 附上蛋白质的pdb文件。其中213(GLY)部分原子丢失，214（GLU）完全没有，215（LYS）也部分原子丢失。pdb bank 是3eoj，我已经删掉了一些多余 conformation。[ Last edited by zhugezilong on 2011-12-14 at 16:26 ] |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 3eoj 8 protein.pdb
2011-12-14 15:43:36, 214.53 K
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