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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 用一对引物blast多条序列
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muyuan

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 用一对引物blast多条序列

我设计了一对引物，想看看这对引物在我自己本地的1000条序列中能不能匹配上哪些序列，并且PCR产物大小在1000-2000bp之间
这个能用什么方法来实现呢？
用NCBI上的primer blast做不了，会出错，显示不能用多条序列作模板
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1楼2011-12-14 10:13:18
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amms_8

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下载blast，用你的1000条序列作为database，然后用你的引物序列做本地blast
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4楼2011-12-15 07:59:10
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
muyuan(金币+3): 这个方法可行，但不是知道bioEdit在这里起什么作用，好像就用本地blast就能做，但做出来不够智能化啊，要自己去找扩出来的片段有多大 2011-12-14 20:24:41
用bioEdit吧。免费软件。把你的序列用faster格式建立本地blast库，然后用你的因为blast本地数据库就行。注意上下引物之间用一串N隔开就行。
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2楼2011-12-14 14:12:13
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)
汗，有了blast结果之后，自己写个小程序跑跑不就筛出来了。
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3楼2011-12-14 23:00:24
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muyuan

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yangsh_nj at 2011-12-14 23:00:24:
汗，有了blast结果之后，自己写个小程序跑跑不就筛出来了。

呵呵，我知道可以写程序，但是我没学过，不会写
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5楼2011-12-15 16:58:06
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