| 查看: 869 | 回复: 1 | ||
[求助]
VMD观看Amber MD模拟结果的疑问？
|
|
大家好，又来请教了！ 今天用Amber对一蛋白质做了一下限制距离的MD模拟（时间只有20ps），用最后生成的rst文件和prmtop文件生成了一个pdb文件。 用VMD观看这个pdb文件的时候看到有两个beat sheet 结构出现，同样的pdb文件，用Pymol看的时候就看不到sheet结构。 但是用VMD观看这个模拟得到的trajectory文件的时候，从始至终都没有看到有Beat sheet出现。 请问虫友们谁能给解释一下是为什么？ 另外，再问一个VMD软件的问题： 我用Windows版VMD的时候（版本1.9），鼠标左键拖动分子旋转的时候，放开左键移动鼠标，分子还会转动，必须再点一下左键，才能被释放。这样很不方便，同样1.9的苹果机版本用的时候就不是这样的，按住左键才能旋转，松开后鼠标就会被释放。 请问，是否要做什么设置么?还是Windows版本就这样。 [ 来自科研家族 海外留学 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
基金中了
已经有14人回复
-
关于filecode
已经有7人回复
-
娱乐
已经有6人回复
-
化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？
已经有4人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有12人回复
-
固定端突然变了，今天
已经有10人回复
-
听说今天filecode变了
已经有47人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 网格生成求助
已经有20人回复
- 统计热力学以及计算机蒙特卡洛模拟教程
已经有441人回复
- 大家说说管理集群时的奇闻怪事吧
已经有22人回复
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑
已经有16人回复
- 大家帮忙看看VMD安装过程中出现的问题！~
已经有8人回复
- Lammps trajectory----use VMD to make molecules whole again
已经有3人回复
- 【原创】VMD如何显示晶胞格子
已经有13人回复
- 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗
已经有7人回复
- 【求助】amber功能探讨
已经有9人回复
- 【讨论】用VMD作的RDF图片不知有没有问题
已经有16人回复
- 【求助】amber10安装，有关MKL和blas库的疑问
已经有3人回复
- 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢？
已经有6人回复
没有人遇到类似问题么? 
2楼2011-12-15 13:05:50
100