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木左左

银虫 (正式写手)

[求助] 高GC含量基因片段PCR问题

大家好,我现在克隆一组目的片段,以cDNA为模板,片段大小2kbp左右,GC含量均超过60%,实验做了2个多月,没有进展,很是苦恼
主要用的大连宝生物的la酶和GCbuffer
我在网上搜过,高GC含量片段国内肯定很多学校有成熟的方法,国外更多的是专利,我希望大家能帮帮我,他别是一下问题:
1.关于引物设计的问题,需要特别注意什么?
2.反应体系的问题,个组分的量,哪种酶效果好,额外的试剂?
3.程序问题,Tm值较高,是不是退火温度也可以比较高?变形温度用不用很高?
4.比较高的GC含量到底对基因的结构有什么影响?
如果哪位师兄师姐有这方面的经验或者是专利方面的信息业希望可以告诉我,小弟不胜感激,谢谢大家!
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木左左

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-12-08 23:32:53:
1,如果是为了表达的话,引物设计时候可以将一部分GC变成其他碱基(在编码的氨基酸不变的情况下),,这样可以使得引物的退火温度降低。

2,我当初做GC的时候就是用的TaKaRa的酶和buffer,效果还不错,70%+的GC ...

我现在用的GCbuffer1,您说的70%的GC什么意思?不是按说明书来的吗?
我用两步法(94变性,68复性延伸)作PCR可以看到目的片段条带,但是很淡他异性也很差,是不是说我普通PCR的时候可以把退火温度提高呢?
3楼2011-12-09 17:04:27
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木左左

银虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-12-09 19:09:12:
楼主的GC含量平均到多少?我们用的物种平均GC含量66%,用的Takara的LA-Taq+GC buffer1, 200bp到几k的片段都扩过,都没问题的,楼主可以试一下!

我的gc含量和你们的差不多,都在65%左右
takara的LA-taq和GCbuffer1,片段都在2000bp左右,问题是一直不出结果,您能不能详细的说下你们是怎么做的,我用的CDNA为模板,植物籽粒提取RNA翻转的
7楼2011-12-09 21:34:08
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木左左

银虫 (正式写手)

我们是一次转录的,不过现在是分段PCR目的基因,再酶切连接
2388ORF
9楼2011-12-09 21:50:47
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