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秋雨子

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[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1楼 2011-12-05 22:47:40

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asaka

银虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:10:45
秋雨子(金币+20): 谢谢您的费心！只怪我学艺不精，只会shell！仍然非常感谢 2011-12-11 20:28:37

说一下我的想法啊：

首先用grep把有用的输出信息过滤一下：
一个是分割各个计算结果，免得把好几个计算的信息混在一起，
另外也是楼主要求的，只输出最后的结果，
另一个就是各个轨道能的数据。

然后把占据轨道的能级收集起来，取最大值，就是HOMO
以及把空轨道的能级收集起来，取最小值，就是LUMO
但是shell没有数学计算的功能，只好借用一下python命令

CODE:

#!/bin/sh

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for file in $*; do

  echo "File : $file"

  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp

  while read line; do

    case $line in

      *$block*)

        eocc='' ;

        evir='' ;;

      *$occst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;

        eocc=`echo $eocc $data` ;;

      *$virst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;

        evir=`echo $evir $data` ;;

    esac

  done < tmp

  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`

  echo "  HOMO :" `python -c "print max($data)"`

  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`

  echo "  LUMO :" `python -c "print min($data)"`

  rm tmp

done

以上程序需要bash和python就可以运行，测试LZ的文件，输出如下：
$ sh homolumo Row1.log
File : Row1.log
HOMO : -0.40657
LUMO : 0.13145
其中homolumo是上面shell的文件名。

当然楼主可能有其他类型的输出文件，
修改shell程序中部分的关键字和流程，应该可以应付其他情况。
block='Population' #不同计算间的分割行
eigen='eigenvalues' #包含轨道能级的输出行
occst='occ' #标记占据轨道的字符
virst='vir' #标记空轨道的字符
sepst='--' #分割信息和能级数据的字符

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秋雨子

9楼2011-12-09 04:13:39

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asaka

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:11:12

上面的帖子不能修改。稍微修改了一下程序，
速度快一点，另外避免了数据多于255个时python出错的情况。

CODE:

#!/bin/sh

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for file in $*; do

  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp

  while read line; do

    case $line in

      *$block*)

        eocc='' ;

        evir='' ;;

      *$occst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        eocc="$eocc $data" ;;

      *$virst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        evir="$evir $data" ;;

    esac

  done < tmp

  rm tmp

  echo "File : $file"

  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  HOMO :" `python -c "print max(($data))"`

  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  LUMO :" `python -c "print min(($data))"`

done