应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » homo和lumo批量提取的脚本
51/1返回列表
查看: 2945  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

秋雨子

金虫 (小有名气)

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右 ，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

搜一搜，收一收

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
To the time to life, rather than to life in time
1楼 2011-12-05 22:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asaka

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:10:45
秋雨子(金币+20): 谢谢您的费心！只怪我学艺不精，只会shell！仍然非常感谢 2011-12-11 20:28:37
说一下我的想法啊：

首先用grep把有用的输出信息过滤一下：
一个是分割各个计算结果，免得把好几个计算的信息混在一起，
另外也是楼主要求的，只输出最后的结果，
另一个就是各个轨道能的数据。

然后把占据轨道的能级收集起来，取最大值，就是HOMO
以及把空轨道的能级收集起来，取最小值，就是LUMO
但是shell没有数学计算的功能，只好借用一下python命令
CODE:
#!/bin/sh
block='Population'
eigen='eigenvalues'
occst='occ'
virst='vir'
sepst='--'
for file in $*; do
  echo "File : $file"
  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp
  while read line; do
    case $line in
      *$block*)
        eocc='' ;
        evir='' ;;
      *$occst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;
        eocc=`echo $eocc $data` ;;
      *$virst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;
        evir=`echo $evir $data` ;;
    esac
  done < tmp
  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`
  echo "  HOMO :" `python -c "print max($data)"`
  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`
  echo "  LUMO :" `python -c "print min($data)"`
  rm tmp
done

以上程序需要bash和python就可以运行，测试LZ的文件，输出如下：
$ sh homolumo Row1.log
File : Row1.log
  HOMO : -0.40657
  LUMO : 0.13145
其中homolumo是上面shell的文件名。

当然楼主可能有其他类型的输出文件，
修改shell程序中部分的关键字和流程，应该可以应付其他情况。
block='Population' #不同计算间的分割行
eigen='eigenvalues' #包含轨道能级的输出行
occst='occ' #标记占据轨道的字符
virst='vir' #标记空轨道的字符
sepst='--' #分割信息和能级数据的字符
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

秋雨子
9楼2011-12-09 04:13:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答

秋雨子

金虫 (小有名气)
没有人回复呢 ？！
回复此楼
To the time to life, rather than to life in time
2楼2011-12-06 14:11:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

秋雨子

金虫 (小有名气)
3楼2011-12-07 11:23:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★
小红豆(金币+2): 感谢交流。 2011-12-14 18:07:53
你先贴一个样板文件,,,,
否则谁知道你要从什么文档中提取你要的东西啊.
赞一下(1人) 回复此楼
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
4楼2011-12-08 10:57:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +4 李政莹 2026-04-06 5/250 2026-04-10 08:10 by kangsm
[考研] 工科273调剂 +5 X1999 2026-04-09 6/300 2026-04-10 07:52 by 1753564080
[考研] 283求调剂 +19 那个噜子 2026-04-09 19/950 2026-04-09 20:59 by 286640313
[考研] 269求调剂 +7 跪求收留。 2026-04-04 7/350 2026-04-09 19:06 by 探123
[考研] 292求调剂 +8 笑笑袁 2026-04-09 8/400 2026-04-09 18:14 by 1753564080
[考研] 316求调剂 +3 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 3/150 2026-04-09 17:31 by wp06
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +19 慕绝cc 2026-04-09 23/1150 2026-04-09 17:14 by 段伟艳
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
[考研] （调剂）一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 一志愿武汉理工大学080200机械工程308分，求调剂 +4 终不似从前 2026-04-05 4/200 2026-04-06 11:46 by 考研学校招点人
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 11408,335分，本科211，求调剂，可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 能动调剂326专硕 +4 wan112233 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:47 by yu221
[考研] 考研调剂 +5 四川王涛 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:18 by 啵啵啵0119
[考研] 22408求调剂 354分 可跨专业 +3 hannnnnnn 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:35 by 土木硕士招生
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭