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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » homo和lumo批量提取的脚本
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秋雨子

金虫 (小有名气)

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右 ，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！
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To the time to life, rather than to life in time
1楼 2011-12-05 22:47:40
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秋雨子

金虫 (小有名气)
没有人回复呢 ？！
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To the time to life, rather than to life in time
2楼2011-12-06 14:11:26
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秋雨子

金虫 (小有名气)
3楼2011-12-07 11:23:16
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abbott at 2011-12-08 10:57:14:
你先贴一个样板文件,,,,
否则谁知道你要从什么文档中提取你要的东西啊.

谢谢提醒~，贴个输出文件，就是最简单的优化和频率计算，因为优化会计算好几圈，想提取最后一次优化的homo和lumo，但是找不到唯一区别的关键词，不知道说清楚没有，我是入门新手希望交流！
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  • 附件 1 : Row1.log
    • 2011-12-08 22:46:50, 2.38 M
To the time to life, rather than to life in time
6楼2011-12-08 22:46:55
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ZDBWHZ at 2011-12-08 22:14:39:
最近不小心写了个shell脚本，也是纠结了好久才完成。

是提取homo，lumo的吗？可以分享下吗？我的shell几乎是自学的，写着很蹩脚，简单还行，复杂就不行了
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To the time to life, rather than to life in time
7楼2011-12-08 22:49:39
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秋雨子

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by asaka at 2011-12-09 04:13:39:
说一下我的想法啊：

首先用grep把有用的输出信息过滤一下：
一个是分割各个计算结果，免得把好几个计算的信息混在一起，
另外也是楼主要求的，只输出最后的结果，
另一个就是各个轨道能的数据。

然后把占 ...

非常感谢您的不吝赐教！思路很清晰 ，不过我还有一点小问题，麻烦您再解答一下，我只会用一点shell，python不知道怎么用，我把您的命令粘帖到text里面，运行了一下 没有输出文件，我把后面的python写的那两行删了，让程序输出到一个文件a里面，里面什么也没有，实在是初学加自学，希望高手可以耐心解释下！
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To the time to life, rather than to life in time
12楼2011-12-09 21:38:52
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 秋雨子 at 2011-12-09 21:38:52:
非常感谢您的不吝赐教！思路很清晰 ，不过我还有一点小问题，麻烦您再解答一下，我只会用一点shell，python不知道怎么用，我把您的命令粘帖到text里面，运行了一下 没有输出文件，我把后面的python写的那两行删了 ...

补充一下，我的文件全是以row001.log，row002.log这种格式命名的，一共一两万个，分子都是opt+freq，所以输出文件没有什么太大的不同，只是优化的圈数不同，文件内容如原来上传的row1.log。
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To the time to life, rather than to life in time
13楼2011-12-09 21:43:37
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by asaka at 2011-12-09 17:40:15:
shell版实在是太慢，既然要用到python，那就纯python吧，速度快多了。
[code]
#!/usr/bin/env python
import sys
block='Population'
eigen='eigenvalues'
occst='occ'
virst='vir'
sepst='--'
for file ...

刚痛苦的自学了半年的shell，不会还得再自学python吧！能不能写个单纯的shell的程序啊？将非常感谢，并奉上金币！
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To the time to life, rather than to life in time
14楼2011-12-09 21:52:40
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秋雨子

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
16楼: Originally posted by ZDBWHZ at 2011-12-10 13:31:18:
直接shell:
#!/bin/sh
# ZDB, HNU, 2011/11/15.
# ZDB, HNU, 2011/11/23 modified to be more pratical.
`ls -l *.log | awk '{print $9}' | sed 's/.log//g' > file_list`
cat file_list | while read  ...

非常感谢！完美的解决了我的问题！不胜感激！话不多说了，通知版主奉上金币，也非常谢谢您能分享这个脚本，让菜鸟可以多学习学习！
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To the time to life, rather than to life in time
20楼2011-12-11 20:04:32
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by asaka at 2011-12-10 16:33:17:
以上作者只考虑闭壳层计算的情况，你有开壳层的计算吗？那时候你需要总的HOMO,LUMO还是分别alpha以及beta的HOMO和LUMO?
他们的程序都只有一点小问题，相信LZ可以搞定。
mchen10 的程序少了一个 |，多了一个奇怪 ...

非常感谢高手的赐教，我的分子群全是闭壳层的，当然也有许多别的分子信息需要提取，那些都相对简单一些，自己可以学着搞定！非常感谢！
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To the time to life, rather than to life in time
21楼2011-12-11 20:10:47
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