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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » homo和lumo批量提取的脚本
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秋雨子

金虫 (小有名气)

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右 ，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！
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To the time to life, rather than to life in time
1楼 2011-12-05 22:47:40
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asaka

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:10:45
秋雨子(金币+20): 谢谢您的费心！只怪我学艺不精，只会shell！仍然非常感谢 2011-12-11 20:28:37
说一下我的想法啊：

首先用grep把有用的输出信息过滤一下：
一个是分割各个计算结果，免得把好几个计算的信息混在一起，
另外也是楼主要求的，只输出最后的结果，
另一个就是各个轨道能的数据。

然后把占据轨道的能级收集起来，取最大值，就是HOMO
以及把空轨道的能级收集起来，取最小值，就是LUMO
但是shell没有数学计算的功能，只好借用一下python命令
CODE:
#!/bin/sh
block='Population'
eigen='eigenvalues'
occst='occ'
virst='vir'
sepst='--'
for file in $*; do
  echo "File : $file"
  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp
  while read line; do
    case $line in
      *$block*)
        eocc='' ;
        evir='' ;;
      *$occst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;
        eocc=`echo $eocc $data` ;;
      *$virst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;
        evir=`echo $evir $data` ;;
    esac
  done < tmp
  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`
  echo "  HOMO :" `python -c "print max($data)"`
  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`
  echo "  LUMO :" `python -c "print min($data)"`
  rm tmp
done

以上程序需要bash和python就可以运行，测试LZ的文件，输出如下：
$ sh homolumo Row1.log
File : Row1.log
  HOMO : -0.40657
  LUMO : 0.13145
其中homolumo是上面shell的文件名。

当然楼主可能有其他类型的输出文件，
修改shell程序中部分的关键字和流程，应该可以应付其他情况。
block='Population' #不同计算间的分割行
eigen='eigenvalues' #包含轨道能级的输出行
occst='occ' #标记占据轨道的字符
virst='vir' #标记空轨道的字符
sepst='--' #分割信息和能级数据的字符
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秋雨子
9楼2011-12-09 04:13:39
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asaka

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:11:12
上面的帖子不能修改。稍微修改了一下程序，
速度快一点，另外避免了数据多于255个时python出错的情况。
CODE:
#!/bin/sh
block='Population'
eigen='eigenvalues'
occst='occ'
virst='vir'
sepst='--'
for file in $*; do
  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp
  while read line; do
    case $line in
      *$block*)
        eocc='' ;
        evir='' ;;
      *$occst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;
        eocc="$eocc $data" ;;
      *$virst*)
        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;
        evir="$evir $data" ;;
    esac
  done < tmp
  rm tmp
  echo "File : $file"
  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`
  [ ! -z "$data" ] && echo "  HOMO :" `python -c "print max(($data))"`
  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`
  [ ! -z "$data" ] && echo "  LUMO :" `python -c "print min(($data))"`
done
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10楼2011-12-09 06:02:46
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普通回帖

秋雨子

金虫 (小有名气)
没有人回复呢 ？！
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To the time to life, rather than to life in time
2楼2011-12-06 14:11:26
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秋雨子

金虫 (小有名气)
3楼2011-12-07 11:23:16
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★
小红豆(金币+2): 感谢交流。 2011-12-14 18:07:53
你先贴一个样板文件,,,,
否则谁知道你要从什么文档中提取你要的东西啊.
赞一下(1人) 回复此楼
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
4楼2011-12-08 10:57:14
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)
最近不小心写了个shell脚本，也是纠结了好久才完成。
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5楼2011-12-08 22:14:39
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abbott at 2011-12-08 10:57:14:
你先贴一个样板文件,,,,
否则谁知道你要从什么文档中提取你要的东西啊.

谢谢提醒~，贴个输出文件，就是最简单的优化和频率计算，因为优化会计算好几圈，想提取最后一次优化的homo和lumo，但是找不到唯一区别的关键词，不知道说清楚没有，我是入门新手希望交流！
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  • 附件 1 : Row1.log
    • 2011-12-08 22:46:50, 2.38 M
To the time to life, rather than to life in time
6楼2011-12-08 22:46:55
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秋雨子

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ZDBWHZ at 2011-12-08 22:14:39:
最近不小心写了个shell脚本，也是纠结了好久才完成。

是提取homo，lumo的吗？可以分享下吗？我的shell几乎是自学的，写着很蹩脚，简单还行，复杂就不行了
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To the time to life, rather than to life in time
7楼2011-12-08 22:49:39
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流。 2011-12-14 18:08:11
fortran and shell，各有一个
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8楼2011-12-08 23:14:32
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